Комиссия начала свою работу 2 декабря 1762 г. Сперва она должна была обсудить следствия временных мер по управлению церковными имениями, провозглашенные в манифесте Екатерины II [816]
. Временный возврат имений под церковное управление, очевидно, явился толчком к крестьянским волнениям, не предвиденным Екатериной. Нерасположение крестьян к церковной администрации было так велико, что они отказывались от уплаты налогов [817]. Такой оборот дела показал правительству и комиссии, что непосредственное управление церковными имениями надо снова поручить особому государственному органу. Поэтому указом от 12 мая 1763 г. была организована Коллегия экономии духовных имений, которая просуществовала до 2 июня 1786 г. [818] Очень скоро выяснилось, что государство употребляло доходы от церковных имений не на первоначально определенные цели, а на народное образование и другие государственные нужды. Да и сам состав земельного фонда не оставался неизменным, так как часть его императрица раздала своим фаворитам. De facto церковные имения и доходы с них стали частью государственной собственности [819].Указ от 26 февраля 1764 г. вместе с переводом церковных учреждений на штаты положил конец старому спору между государством и Церковью и передал все церковные имения с 910 866 податными крестьянами в ведение Коллегии экономии [820]
. В нем же были установлены штаты архиерейских домов, а также всех церквей и монастырей, которые ранее обладали земельной собственностью. О безземельных или малоземельных монастырях и церквах, положение которых пока что оставалось без изменений, решения должны были последовать по мере поступления сведений о них от епархиальных архиереев. Все 26 епархий были разделены на три класса (степени): к первому принадлежали 3, ко второму — 8, к третьему — 15 епархий [821] . Всего на содержание кафедр было определено 149 586 руб. в год [822]. В распоряжении каждого епархиального управления находились сады, пастбища, тони; при них должны были содержаться дома призрения. В штаты были включены также 225 монастырей, подразделенных на три класса; для 158 мужских монастырей было определено 174 750 руб., для 67 женских — 33 000 руб. [823] Дополнительные штаты на 161 безземельный монастырь, установленные указом от 31 марта 1764 г., довели их общее количество до 386. Монастыри, не включенные в штаты, были закрыты [824]. Императрица принимала деятельное участие в работе комиссии вплоть до окончательного решения вопроса, требуя постоянно докладывать ей о ходе дел [825].Секуляризация 1764 г. не распространялась на Украину. В Киевской, Черниговской и Новгород–Северской губерниях она произошла только по указу от 10 апреля 1786 г., а в Харьковской, Екатеринославской, Курской и Воронежской губерниях — по указу от 25 апреля 1788 г. Епархии, присоединенные после разделов Польши в 1772 и 1793 гг., были охвачены секуляризацией церковных земель лишь в XIX в. [826]
Новгородский митрополит и Петербургский архиепископ как члены комиссии сумели позаботиться о своих епархиях. Выделенное им денежное содержание было несоразмерно велико, особенно по сравнению с Московской епархией, где оно было вдвое меньше, чем у Петербургской; однако в XIX в. Московская кафедра смогла покрыть эту разницу за счет доходов вновь разбогатевших монастырей. В итоге, «если не входить в частности, справедливо будет сказать, что церковно–имущественная реформа 1764 г. для епархиальных учреждений вообще не была невыгодною» [827]
. Реформа изменила также границы епархий. Новые епархии, основанные во 2–й половине XVIII в., и возникшие в некоторых епархиях викариатства сразу же включались в штаты. Сначала реформа довольно резко сказалась на состоянии монастырей: они стали беднеть и многие закрылись, но вскоре некоторые из них были вновь открыты. В XIX в. благосостояние монастырей стало снова расти благодаря доходам от паломников и пожертвованиям. Отдельные монастыри даже начали с выгодой для себя вкладывать свои капиталы в дома и другое недвижимое имущество [828].По реформе 1764 г. у кафедральных и некоторых других церквей были изъяты земли с 35 003 душами крестьян. Всем кафедральным соборам были установлены штаты, хотя только 8 из них обладали земельной собственностью. Остальные 516 церквей, имевших вотчины, получали с них так мало дохода, что штатная компенсация в размере 50 руб. ежегодно была им даже выгодна. Позднее церквам выделялись небольшие земельные участки до 33 десятин [829]
.