По настоянію св. Геннадія, соборъ епископовъ, засѣдавшій въ 1490 г. въ Москвѣ, спустя 21 день послѣ поставленія Зосимы, судилъ нѣкоторыхъ еретиковъ, не добравшись до главныхъ, къ неудовольствію новгородскаго владыки, на соборѣ не бывшаго. Еретичество Зосимы было узнано не сразу. Когда же поборники православія начали его обличать, то онъ боролся съ ними отлученіями отъ причастія, лишеніемъ священства, клеветой великому князю. Голубинскій пишетъ: “На счастіе православныхъ митрополитъ-еретикъ самъ помогъ имъ свергнуть себя съ каѳедры. Зосима былъ человѣкъ вовсе не святительской частной жизни: онъ преданъ былъ пьянству и содомитизму. И великій князь, котораго, можетъ быть, и не успѣли убѣдить въ его еретичествѣ, нашелся вынужденнымъ удалить его съ каѳедры за сейчасъ указанные его пороки (по свидѣтельству лѣтописей, собственно за — первый изъ нихъ)”. Зосима былъ удаленъ 17 мая 1494 г.
Въ сентябрѣ 1495 г., по указанію вел. князя Іоанна III, митрополитомъ былъ избранъ игуменъ Троицкій
Въ 1503 г. созванъ былъ въ Москвѣ церковный соборъ, разсматривавшій вопросы, поставленные митрополитомъ и царемъ. Соборъ опредѣлилъ: о неслуженіи въ міру вдовымъ священникамъ и діаконамъ; о несовершеніи священниками и діаконами литургіи на другой день послѣ того, какъ они напьются до пьяна, и о нежитіи монахамъ и монахинямъ въ однихъ и тѣхъ же монастыряхъ. Получилъ разрѣшеніе вопросъ о невзиманіи епископами платы за поставленіе въ церковныя степени. Остался неразрѣшеннымъ вопросъ объ отобраніи у монастырей недвижимыхъ имѣній или вотчинъ. Повидимому, возбужденіе этихъ вопросовъ было подсказано вел. князю знаменитыми старцами Паисіемъ Ярославовымъ и его ученикомъ Ниломъ Сорскимъ, которые пользовались большимъ уваженіемъ Іоанна III. Вопросъ о недвижимыхъ имѣніяхъ входилъ и въ предположенія самого вел. князя, что мы видѣли при отобраніи такихъ земель въ Новгородѣ.
Противъ рѣшенія собора о вдовыхъ священникахъ написалъ возраженіе одинъ изъ нихъ, ростовскій священникъ Георгій Скрипица. Отвѣтилъ ему “списаніемъ” пр. Іосифъ Волоколамскій, видный участникъ собора. Пр. Іосифъ, вмѣстѣ съ тѣмъ, былъ главнымъ противникомъ отобранія недвижимыхъ имуществъ и въ этомъ вопросѣ одержалъ побѣду надъ упомянутыми старцами и единомышленнымъ съ ними государемъ. Къ этому вопросу мы вернемся позднѣе. Непосредственно за соборомъ нарушилъ его постановленіе о невзиманіи платы за поставленіе знаменитый архіеп. новгородскій Геннадій, видимо, поддавшійся вліянію своего дьяка. Іоаннъ III очень строго осудилъ этотъ поступокъ. По его приказанію было произведено разслѣдованіе, и новгородскій владыка въ 1504 г. былъ низведенъ съ каѳедры.
Въ 1504 г. состоялся соборъ, который предалъ проклятію жидовствующихъ, послѣ чего главные еретики распоряженіемъ государственной власти были казнены черезъ сожженіе, а прочіе разосланы въ заточеніе и по монастырямъ. О сей ереси будетъ сказано въ дальнѣйшемъ.