17 декабря 1905 года Николай II дал аудиенцию трем высшим иерархам: митрополитам Петербургскому - Антонию, Московскому - Владимиру (Богоявленскому), Киевскому - Флавиану (Городецкому), и обсудил с ними вопрос о созыве Собора. Через 10 дней состоялась вторая встреча. Царь заверил митрополитов о том, что он считает неотложно необходимым проведение преобразований в структуре Церкви. 16 января 1906 года государь утвердил состав «Предсоборного присутствия» во главе с митрополитом Антонием. В него было включено 10 архиереев, 7 священников, 21 профессор богословия.
Предсоборное Присутствие заседало в Александро-Невской Лавре с марта по декабрь 1906 года. Участники заседаний единодушно высказались за восстановление Патриаршества. В Присутствии прозвучали решительные требования освободить Церковь от мелочной обер-прокурорской опеки. Большинство выступавших поддержало предложение о многократном увеличении числа епархий. Обсуждались также вопросы о благоустройстве приходской жизни, о состоянии Духовных школ. В основу работы Присутствия легли «Отзывы» архиереев. Главной темой совещаний была подготовка Поместного Собора. Но когда работа предсоборного присутствия завершилась и материалы его были предложены государю, он наложил резолюцию: «Нахожу созыв Собора неблаговременным».
Через два дня после издания Октябрьского манифеста о гражданских свободах и созыве законодательной палаты - Государственной Думы К. П. Победоносцев, не одобривший этого шага, вышел в отставку с поста обер-прокурора. Его преемником стал князь Д. А. Оболенский, благожелательно относившийся к мысли о Соборе, но через полгода Оболенского сменил князь А. А. Ширинский-Дихглатов, продержавшийся в обер-прокурорском кресле всего 2 месяца. С июля 1906 по 1909 годы обер-прокурором был П. И. Извольский, чиновник с либеральными воззрениями, относившийся к православному духовенству неблагосклонно, но оказавшись на закате жизни в эмиграции, он сам принял священство и скончался в 1928 году в Брюсселе приходским настоятелем. С 1909 по 1911 годы обер-прокурором Синода был С. М. Лукьянов, который пытался поддерживать хорошие отношения с Думой, откуда раздавалась крикливая и неосновательная критика в адрес Синода.
В 1911 году государь назначил обер-прокурором многоопытного синодального чиновника В. К. С
По инициативе нового обер-прокурора возобновилась подготовка Собора. Для этой цели 28 февраля 1912 года указом императора было созвано Предсоборное совещание под председательством архиепископа
Первые месяцы войны сопровождались патриотическим подъемом, когда, казалось, возродилось всенародное единение, спасавшее Отечество в пору грозных испытаний. Синод благословил русское воинство на брань с врагом. Во главе военного духовенства стоял протопресвитер армии и флота
Затянувшаяся война оказалась неимоверно тяжелой. Народные силы были перенапряжены. Углубились кризисные явления: в обществе росло взаимное несогласие и вражда. Со стороны либеральных кругов, и не только в печати, но и в Думе, раздались обвинения высочайшей власти в измене, в тайном сговоре с Германией.