С началом перемен к лучшему в положении Церкви члены Синода архиепископ Новгородский Амвросий и митрополит Ростовский
Митрополит Арсений вскоре после этого был выведен из состава Синода. Включенный в Синод по представлению архиепископа Амвросия, этот мужественный архиерей отказался присягать по установленной форме, заявив, что текст присяги, составленный Феофаном, унизителен и кощунствен, что неприлично именовать крайним судей монарха. В этом он находил «недостойное ласкательство во унижение или отвержение истинного Крайнего Судии - Самого Христа». Взамен этого святитель предлагал такую формулу: «Исповедаю же с клятвою Крайнего Судию и Законо-положителя духовного сего церковного правительства быти Самого Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, полномочного Главу Церкви и Великого Архиерея и Царя, надо всеми владычествующего и всем имущего посудити - живым и мертвым». В конце царствования Елизаветы первоприсутствующим в Синоде был архиепископ Новгородский Димитрий (Сеченов). В Синод входили также архиепископ Санкт-Петербургский Вениамин (Григорович), епископ Псковский Гедеон (Криновский), архиепископ Крутицкий Амвросий (Зертис-Каменский), преосвященные Палладий Рязанский, Порфирий Коломенский и архимандрит Троице-Сергиевой Лавры Лаврентий.
До 1753 года обер-прокурором Синода служил князь Я. П. Ш
В области епархиального управления в 1744 году произошла важная перемена: вместо архиерейских приказов в великорусских епархиях по образцу южнорусских вводилась коллегиальная форма управления в виде консисторий. Князь Шаховской тщетно домогался, чтобы секретари консисторий были подчинены не правящему архиерею, а непосредственно обер-прокурору.
В царствование Елизаветы значительно увеличилось число епархий. При открытии Синода существовало 18
епархий, а к 1753 году их было уже 30. В 28 из них насчитывалось до 18 000 приходов. В 1742 году бывшая Патриаршая область была разделена на Московскую и Петербургскую епархии.Важные перемены происходили и в составе епископата. Отпала нужда искать ставленников на высшие церковные должности исключительно среди выпускников Киевской Академии. Набирали силу новые духовные школы, открытые в обеих столицах и в некоторых провинциальных городах. В 1754 году Елизавета подписала указ, чтобы Синод представлял на должности архиереев и архимандритов не одних малороссиян, но и из природных великороссиян. И среди иерархов вскоре добрую половину стали составлять великоросы. Они оказались более уживчивыми и покладистыми в отношениях с государственной властью, чем воспитанные в иной обстановке ученые киевские монахи, которые проявляли больше твердости и упрямства, меньше гибкости в отстаивании прав и привилегий Церкви. Среди архиереев елизаветинской эпохи были и истинные подвижники.
Иерархом высокой святости был епископ Белгородский