На место изгнанного Стефана братия единодушно избрали себе игуменом старейшего из всех по летам великого Никона, который в 1068 г., по случаю начавшегося междоусобия князей из-за киевского престола, отошел было в свою тмутараканскую обитель с двумя иноками, но по смерти Феодосия возвратился в Киево-Печерский монастырь и жил здесь. При Никоне в 1083 г. пришли в обитель из Царяграда иконописцы, чудесно нанятые преподобными Антонием и Феодосием, а купцы греческие привезли и пожертвовали мозаику для украшения церкви. Внутренняя отделка ее продолжалась пять лет до самой кончины Никона (1088). Освящение же церкви торжественно совершено уже при игумене Иоанне в 1089 г. (августа 14) митрополитом Киевским Иоанном с четырьмя епископами: Черниговским Иоанном, Ростовским Исаиею, Юрьевским Антонием и Белоградским Лукою. Эта церковь, строившаяся около пятнадцати лет, отличалась необыкновенным великолепием и красотою. Ее стены и иконопись блистали золотом, разноцветною мозаикою и прекрасною иконною живописью; пол состоял из разновидных камней, расположенных узорами; верхи были позлащены, а большой крест на главном куполе был сделан из чистого золота. В этой церкви при том же игумене Иоанне устроен был каменный придел во имя святого Иоанна Предтечи, в память Иоанна боярина и сына его Захарии, который пожертвовал для сего две тысячи гривен серебра и двести золота, а сам постригся в обители 1096 год был одним из несчастнейших для Печерского монастыря. Дикие половцы под предводительством Боняка, сделав внезапное нападение на Киев (июля 20), опустошили его окрестности, выжгли некоторые монастыри и приблизились к Печерскому. Время было после заутрени, когда иноки отдыхали. Враги, подняв великий крик, поставили пред воротами монастырскими два знамени, выломали эти ворота, пошли по кельям, вырубая двери и расхищая все что можно, потом зажгли монастырь и двое дверей в самой церкви, ворвались в притвор Феодосиев, грабили иконы и ругались над ними. Деревянные здания монастыря сгорели. Многие иноки и слуги монастырские были убиты, другие отведены в плен. Но, при тех средствах, какими владел Печерский монастырь, и при живом усердии к нему православных, следы половецкого разорения в нем скоро были изглажены: не только воздвигнуты были все прежние здания, погоревшие или разрушенные, но явились еще некоторые новые. Так, в 1108 г., при игумене Феоктисте, окончена была каменная трапеза вместе с церковию, построенная по повелению и на иждивение князя Глеба Всеславича. Около того же времени построена больница и при ней церковь во имя Святой Троицы иждивением черниговского князя Николая Святоши, постригшегося в 1106 г. в Печерской обители.
Что касается до средств содержания, какими пользовалась эта обитель, то они постоянно увеличивались и улучшались. Преподобный Феодосии пред кончиною своею, между прочим, сказал братии: «О сем разумейте дръзновение мое к Богу: егда видите вся благая в монастыре сем умножающаяся, ведите, яко близь Владыки небеснаго ми сущу». И действительно, говорит преподобный Нестор: «В то же лето молитвами блаженнаго отца нашего Феодосия умножися всех благых в монастыре том, еще же и в селех тех гобино (урожай) бысть, и в животных приплод, яко несть было николиже», – из чего и заключили ученики о прославлении на небеси своего наставника. Но, продолжает Нестор, достойно особенного замечания то, что даже и