Внутри монастырей существовали беспорядки своего рода. "В нашем царстве, - говорил царь, - на Москве и во всех городах есть монастыри особные: живет игумен да два или три чернеца или и более, где как случится; да тут же в монастыре живут миряне с женами и детьми; равно и в женских монастырях живут иногда миряне с женами и холостые; в ином же монастыре живут вместе чернецы и черницы, а в ином попы и диаконы, дьячки и пономари с женами живут вместе с черницами" (гл. 5, вопрос 37). В общежительных монастырях, где все подчинено было правилам устава, дело не могло простираться до таких крайностей, однако ж и там иногда, по небрежности, в кельи приходили лица женского пола, а молодые ребята даже невозбранно жили по кельям (вопрос 8). Еще более жаловался царь на другой порок, господствовавший в обителях, - на нетрезвость и на "безмерное упивание" (вопрос 17). В некоторых монастырях не соблюдались правила относительно трапезы: для настоятелей и даже соборных старцев готовилась особая, лучшая пища, и они вкушали ее в своих кельях, а не в трапезе. Иные настоятели принимали и угощали гостей также в кельях, а не в трапезе (гл. 49). От желавших поступить в монастырь требовались вклады, отчего действительно поступали только люди достаточные и богатые. Последние, иногда сделав значительное пожертвование на обитель, пользовались в ней льготами, не подчинялись монастырскому уставу, жили в довольстве и покое. Имея это в виду, "некоторые, - как свидетельствовал царь на Соборе, - постригались только покоя ради телесного, чтобы всегда бражничать и ездить по селам для прохлады" (гл. 5, вопрос 8).
Против всего этого отцы Стоглавого Собора определили:
1. лицам женского пола не входить в монастырь, разве только для моления в церкви, и то или с мужем, или с братом, или с сыном, и после службы тотчас выходить из монастыря; в келье же женщин вовсе не принимать; а у которых попов (монастырских), или диаконов, или священноиноков увидят в келье женщину, тем быть изверженным от священства, а простым инокам быть отлученным от всякой святыни.
2. Ни настоятели, ни старцы и никто из братий не должны держать у себя в келье "молодых ребят голоусых", а кому из старцев невозможно будет обходиться без служителя по немощи и старости, тем настоятели могут посылать на службу одного или двух братов или и мирского человека в совершенном возрасте, "имущаго браду".
3. Горячего вина по монастырям не курить и не пить и хмельного пива и меда не держать, а пить только квас житный и медовый; фряжские же вина не возбраняются, если испивать их во славу Божию, а не в пьянство, ибо нигде не написано, чтобы не пить вина, но только написано, чтобы не пить вина в пьянство (гл. 49 и 52).
4. Архимандриты, игумены, строители и соборные старцы ели бы в трапезе вместе с братиею, а не по кельям, и пища для всех их была бы в трапезе общая с братиею и равная, а особых брашен для них не готовилось бы; исключения могут быть только ради старости и немощи. Также гостей настоятели по своим кельям не кормили бы, а кормили бы в трапезе или в келарской; закон этот не простирается на один Троицко-Сергиев монастырь, где гости бывают беспрестанно день и ночь (гл. 49 и 52).
5. В монастыри принимать всех православных, хотящих сподобиться ангельского образа, и не требовать от них за это ничего, разве что дадут сами по своей силе; определить срок для их испытания, и если желание их окажется искренним и неизменным, то постригать их и отдавать под начало духовным старцам, которые и должны поучать их всему иноческому житию. Равно принимать не только верных, но и неверных, желающих сподобиться крещения и ангельского образа, и за то не требовать от них ничего. А если какой игумен или игуменья будут требовать за пострижение злата и серебра, то игумен да извержется, а игуменья должна быть сослана в другой монастырь под начало (гл. 50).