Вместе с тем и по тому же случаю написано послание митрополита Ионы и к новгородцам. Упомянув здесь о своем писании к их владыке, которое имеет быть прочитано пред ними самим владыкою, и о своем святительском долге иметь попечение о их душах. Иона сначала вооружается против их вражды и ярости, потом призывает их к покаянию, наконец учит их покоряться своему архипастырю. "И прежде изречем слово о ярости. Когда найдет на тебя напасть и прекословие или раздражение подвигнуться на кого-либо яростию, то вспомни молитву, которой научил Господь Иисус Христос Своих учеников, говоря: Остави нам долги наши, якоже мы оставляем должником нашим, - и бесчинное движение тотчас в тебе утихнет… Ярость и гнев - исчадия одной матери, которую зовут безумием. Ибо сказано: Всю ярость свою износит безумный, и безумен в первый день исповест гнев свой… И апостол учит: Отложите всяк гнев, и ярость, и злобу, и хуление, в мир бо призва нас Бог… И Сам Владыка наш Господь сказал: Любите враги ваша, добро творите ненавидящим вас. Еще же, дети, скажу вам и о блаженном покаянии, и о послушании, и о прослушании. О, как сладко, чада мои, покаяние! Оно - корень жизни. Сладкий наш и незлобивый, единый благий и щедрый Человеколюбец Бог и Строитель нашего спасения постоянно жаждет нашего покаяния, и веселится о слезах кающихся, и радуется о исповеди нашей, и со многим терпением ожидает обращения нашего, умоляя, наблюдая, призывая каждого из нас обратиться к Нему от дел неприязненных… И потому молю вас, чада мои, обратимся к Господу Богу нашему и начнем делать правду в последующие дни жизни нашей, и Он сотворит исцеление прежним согрешениям нашим… Добро, чада мои, послушать Божественного Писания и поспешить к покаянию, а не прослушать, не отчаиваться. Послушание на благое есть жизнь, а прослушание творит смерть. Свидетель моему слову - первый, созданный рукою Божиею человек: если бы он не прослушал заповеди Творца, то не лишился бы древа жизни; но, изгнанный из рая, он осужден на смерть вместе с своими потомками… Еще же и на то благословляю вас, детей моих, чтобы вы во всем были послушны нашему сыну и брату, а своему отцу и учителю, боголюбивому архиепископу Евфимию, по слову Господа: Слушаяй вас. Мене слушает, а отметаяйся вас. Мене отметается и пославшаго Мя… Он, дети, от Бога поставлен в святителя, и учителя, и пастыря душам христианским; он есть наместник Самого Владыки нашего Христа, и молитвенник о душах человеческих, и имеет апостольскую власть вязать и решить. И потому воздавайте ему честь и повиновение, как Самому Христу, и за то получите мзду от Бога…"
В послании к новгородскому князю Юрию Семеновичу святитель Иона утешает его по случаю кончины его супруги и, между прочим, говорит: "Слышал я, сын мой, о приключившейся тебе по Божественному повелению скорби - о преставлении благородной и благоверной княгини твоей Софии. Видит Бог, что и наше смирение глубоко скорбит о том, вспоминая ее добрый нрав и благую покорность Богу и Церкви Божией. Но ты сам ведаешь, что еще с прародителя нашего Адама по нашему преступлению все мы осуждены на смерть, и одна чаша всем уготована повелением Божиим, един есть мост общий, которого не миновать никому, великому и малому, нищему и богатому, праведному и грешному. И благословляю тебя, сына моего, не вводи себя в безмерную скорбь, но более благодари человеколюбие Божие… и получишь от Бога отраду для души своей… А то ты весьма хорошо сделал, что велел положить ее (княгиню) у себя, в своем городе. Конечно, как и сам знаешь, не место спасает человека или осуждает, а наши дела: какие дела сотворим, такую и мзду получим за них. Но, имея всегда (усопшую княгиню) у себя пред твоими очами, ты можешь всячески творить пользу душе ее молитвами священников, всегдашними поминовениями, приношением Бескровной Жертвы и милостынями нищим…"