Собор открылся не позже октября 1553 г. и продолжался и в следующем году. На этом Соборе, имевшем свои заседания в царских палатах, присутствовали под председательством митрополита Макария Ростовский архиепископ Никандр и епископы: Афанасий Суздальский, Кассиан Рязанский, Акакий Тверской, Феодосий Коломенский и Савва Сарский вместе с многочисленным духовенством. Присутствовал и царь с своими братьями и со всеми боярами. Пред лицом Собора Башкин вновь исповедал свои заблуждения, каялся в них и начал обличать своих единомысленников с очей на очи. Сам государь "начат их испытовати премудре", но они хотя убоялись царя, так крепко поборавшего по благочестию, однако ж запирались и не сознавались. Только некоторые из них сказали сами на себя, что они не поклонялись святым иконам и положили зарок и впредь им не поклоняться. Для обличения еретиков на Собор принесена была книга преподобного Иосифа Волоколамского - знак, что лжеучение их Собор считал однородным с ересию жидовствующих и как бы ее отраслию. Царь весьма похвалил эту книгу, а митрополит и весь священный Собор назвали ее светилом православия. К изумлению, один из числа самих святителей - Кассиан Рязанский начал поборать за еретиков и особенно за своего старца Исаака Белобаева, приведенного на Собор из дальней пустыни Соловецкого острова, а вместе начал хулить книгу преподобного Иосифа и говорить, что ее свидетельства не подлинны, за что и подвергся небесной казни: у него отнялись рука, нога и язык, и он, расслабленный, оставил свою епископию и отошел в монастырь. Из всех заподозренных в ереси и судившихся на Соборе только об одном, именно о бывшем игумене Троицкого Сергиева монастыря Артемии, дошла до нас соборная грамота, из которой можно видеть, в чем обвинялся он и какие давал ответы.