Неудивительно, если православные Перемышльского края и особенно духовенство не хотели признать Крупецкого своим епископом и открыто ему сопротивлялись. Они посылали просьбу (от 11 апреля 1611 г.) к королю и умоляли его взять от них Крупецкого и дать им другого епископа, избранного ими. И когда не получили удовлетворения, то решились не впускать Крупецкого в свои церкви и монастыри. Но церкви были отбиваемы гайдуками, непокорявшихся священников ловили, волокли в суды, заключали в темницы, монахов и монахинь изгоняли. Такого рода насилия до того вооружили против Крупецкого, что он сам неподалеку от Самбора подвергся побоям и едва спас свою жизнь. Из среды даже католиков, живших в Самборе, раздался голос, который резко осуждал недостойные меры, какими принуждали тогда русских к принятию унии, и настаивал, чтобы король взял назад у Крупецкого данную ему привилегию на епископию и назначил православным другого архипастыря. Но этот голос не был услышан, и Крупецкий остался на своем месте.