Вражда Троицкого монастыря и униатов в Вильне к Свято-Духовскому монастырю и православным выражалась и другими способами. Церковь Святого Духа униаты обыкновенно называли наливайковскою по имени отличавшегося крайнею неприязнию к унии и униатам казацкого гетмана Наливайки, который в 1597 г. претерпел мучительную казнь в Варшаве как бунтовщик, и для выражения того, якобы и все посещающие эту церковь суть такие же бунтовщики-наливайки. Почти не проходило дня и ночи, когда бы из Троицкого монастыря не бросали камней, не пускали даже стрел в Свято-Духовский и в тех, которые ходили туда для богомолья. Однажды поранили таким образом и зашибли более двадцати шляхетных детей, обучавшихся в свято-духовской школе; в другой раз пробили голову самому настоятелю Свято-Духова монастыря; в третий бросали камнями в двух знатных госпож, ехавших в церковь Святого Духа на богослужение: жену подкомория троцкого (князя Огинского) и жену подкомория виленского. На все такие обиды тогда же заносились протесты и жалобы в трибунальские, земские и городские книги. Православных ремесленников исключали из разных ремесловых цехов без всякой причины, а за то единственно, что они ходили в церковь Святого Духа и присутствовали там при богослужении. Русского бурмистра и трех райцев виленской ратуши за то же самое велели арестовать под предлогом будто бы их измены и потребовали к расправе и двух из них в продолжение нескольких недель держали в ратушной тюрьме. В Вильне старанием троицкого игумена или архимандрита Иоасафа Кунцевича уже принято было за общее правило: не избирать в бурмистры и райцы и вообще не допускать на должности в городском магистрате никого из русских, кроме униатов; равно не принимать в купеческие братства и ремесловые цехи или исключать из них тех русских, которые не представят удостоверения, что они содержат унию. Обе эти меры, тогда же принятые и в Новогрудке, были крайне несправедливы и стеснительны для православных и, касаясь самых существенных житейских интересов, могли поколебать многих городских жителей. Ученая братия Троицкого монастыря и семинарии писали и издавали против православия и православных брошюры, которые большею частию остались нам известными только по своим заглавиям, каковы: "Уния", "Разговор брестского мещанина с виленским братчиком", "Воскресший Наливайко", "Политика, называемая невежеством" и подобные.