Оба виленские монастыря, Троицкий и Свято-Духовский, принимали участие и в борьбе униатов с православными в Минске, потому что оба имели там свои как бы колонии. Троицкому монастырю еще с 1613 г. принадлежал минский Вознесенский. Кроме того, иноки последнего завели было монастырь вместе со школою при церкви святых Козмы и Дамиана, отнятой у православных. Настоятелем обоих этих минских монастырей, Вознесенского и Козмо-Дамианского, в 1615 - 1617 г. назывался Афанасий Пакоста. Но, находя пребывание монастыря при Козмодамианской церкви почему-то неудобным, Пакоста выпросил у короля плац У другой приходской церкви Свято-Духовской, воздвиг вместо нее новый каменный храм во имя Святого Духа и перевел сюда от Козмодамианской церкви и монастырь и школу, так что в 1619 г. назывался уже настоятелем минских монастырей, Вознесенского и Свято-Духовского. Два также монастыря принадлежали в Минске и виленскому Свято-Духовскому монастырю, но только один мужской, а другой женский. Мужской - Петропавловский, основанный женою маршалка Богдана Стецкевича Евдокиею Григорьевною, княжною Друцкою-Горскою, передан по воле ее под власть виленских свято-духовских монахов 21 ноября 1613 г., и первым игуменом в нем был Гедеон. Женский православный монастырь устроился было первоначально при храме Рождества Пресвятой Богородицы, находившемся в ведении тех же иноков, и устроился с дозволения князя Януша Радзивилла (от 24 января 1614 г.), на земле которого стоял названный храм. Но около 1618 г. невестка основательницы Петропавловского монастыря, жена Вильгельма Стецкевича, подкомория брацлавского, княжна Анна Огинская купила дом с плацем, разными постройками и огородами по соседству с Петропавловским монастырем и подарила на устройство здесь женского православного монастыря, с тем чтобы сюда переведены были игуменья Евгения Шембелевна и ее инокини, проживавшие доселе при Рождество-Богородицкой церкви, и чтобы монастырь этот находился под ведением игумена Петропавловского монастыря и подчинен был виленскому Свято-Духовскому. Леонтий Карпович, архимандрит виленского Свято-Духовского монастыря, выдал игуменье Евгении по ее просьбе благословенную грамоту (от 31 июля 1618 г.) на постройку этого нового женского монастыря в честь и славу Триилостасного Бога и на заведение в монастыре общежития по чину святого Василия Великого. Православные монастыри в Минске пользовались большим сочувствием со стороны местных жителей, и особенно дворян и членов городского магистрата, которые составляли при Петропавловском монастыре многочисленное церковное братство, а униатские встречали почти от всех одну холодность и даже явную неприязнь. При всем том униаты и здесь в надежде на покровительство короля дерзко нападали на православных, а православным приходилось только жаловаться и защищаться. В 1616 г., 9 января настоятель минских униатских монастырей Афанасий Пакоста явился в сопровождении возного в городскую ратушу и сказал: "Я узнал, что здесь некоторые мещане по королевской грамоте от 11 сентября 1592 г. образовали соборное братство при соборной церкви в замке, имели свой дом, госпиталь, школу, - существует ли еще это братство и где оно?" Бурмистры отвечали: "Братство это действительно существовало и имело братский дом подле церкви Козмы и Дамиана, но за разногласием членов прекратилось, и где оно теперь, что с ним сталось, не знаем". Пакоста обратился с просьбою к королю, и король прислал в Минск (20 февраля 1616 г.) дворянина Сновского произвесть расследование как о соборном братстве, так и об его имениях. Когда Сновский донес королю, что братство уже не существует, и указал на имения, будто бы принадлежавшие братству, тогда Пакоста выпросил у короля эти имения себе и, получив королевскую грамоту, насильно завладел городским госпиталем и принадлежавшими ему двором в Минске и загородными грунтами с сеножатью. Бурмистры и райцы от имени всего города подали жалобу королю, что Сновский произвел расследование неправильно, а Пакоста тайком, без ведома их, выпросил себе у короля привилегию на такие имения, которые вовсе не принадлежали братству, напротив, всегда принадлежали городу и находились под управлением городского магистрата. Король потребовал Пакосту на суд, но Пакоста не только на суд не явился, а исходатайствовал себе у короля в 1617 г. еще две грамоты: по одной выстроил на городском рынке свои монастырские лавки для торговли, не платившие никаких взносов в пользу города; по другой завладел несколькими домами, принадлежавшими прежде приходским православным церквам Козмодамианской и Свято-Духовской. Бурмистры и райцы пожаловались вновь, и король вновь потребовал (от 15 апреля 1620 г.) на свой задворный суд только уже не Пакосту, сделавшегося Холмским епископом, а его преемника в Минске Илариона Барановича. Разумеется, город не воротил себе отнятого униатами. При Петропавловском монастыре существовала православная школа: школа эта служила предметом постоянной ненависти для начальников и педагогов униатской козмодамианской школы. Они часто высылали своих слуг и школьников делать нападения по улицам на детей, посещавших православную школу, поносить их, бить чем попало и не давать им проходу. Особенно сильное побоище случилось в 16-й день февраля 1617 г. Тогда несколько десятков униатских школьников по приказанию своих бакалавров Дионисия Хмельницкого и Николая Новака, вооружившись киями, насечками, камнями и руководимые монастырскими слугами, с таким азартом набросились на детей, спокойно возвращавшихся из петропавловской школы, что многих из них переранили, других избили почти до смерти, а иных едва успели отнять прохожие. Настоятель Петропавловского монастыря Гедеон на другой день принес жалобу в минский городской суд, а возный, лично освидетельствовавший избитых малюток, внес туда же свое заявление.