Киприан был вызван из Тобольска на Крутицу в Москве, чтобы занять место известного митрополита Ионы, который более шести лет правил патриаршеством, а теперь волею или неволею удалился на покой в Спасо-Прилуцкий монастырь. По-видимому, митрополит этот обладал довольно просвещенным умом, отстаивая мысль, что не должно перекрещивать латинян при обращении их к православию, хотя потом и покорился соборному определению о перекрещивании их. Но он имел недоброе сердце, что и засвидетельствовал, когда обвинил и подверг тяжкому наказанию совершенно невинных справщиков книг и затем еще глумился всенародно над одним из них, архимандритом Дионисием. Так же несправедливо и жестоко поступил Иона во время своего управления патриаршеством и с Вологодским архиепископом Нектарием, которого, как мы видели в своем месте, без всякого расследования и суда лишил (около 1616 г.) кафедры и сана и сослал в качестве простого старца в Кириллов монастырь. Узнав об этом в 1621 г., может быть, по жалобе самого же Нектария, патриарх Филарет вызвал его в Москву, и здесь на Соборе расспрашивали его и делали подробные разыскания, за что он так пострадал. И пришли к заключению, и объявили самому Нектарию, что он "отлучен от святительства неповинно, не по делу, без сыску". Хотели уже подписывать приговор, как патриарх обратил внимание на одно из показаний Нектария, что он, находясь в Кириллове монастыре, при прежнем игумене (Флавиане) причащался в епитрахили, а при теперешнем (Савватии) без епитрахили, потому что игумен не позволил ему причащаться в епитрахили. Филарету это показалось сомнительным; он подумал, не своею ли волею Нектарий причащался без епитрахили, и потребовал письменных объяснений от игумена Кириллова монастыря Савватия и соборного старца Евстафия, у которого Нектарий, вероятно, находился под началом, а двух бывших духовников его вызвал даже в Москву. И только тогда, когда игумен отвечал, что действительно он не дозволял Нектарию, несмотря на все его просьбы, причащаться в епитрахили, потому что Нектарий прислан был в монастырь в качестве простого старца, а не архиепископа, и, когда потвердили то же самое и соборный старец, и духовник Нектария, патриарх решился наконец, уступая притом новым просьбам Нектария, разрешить его и благословил "святительская вся действовати" и совершать Божественную литургию (в мае 1621 г.). Случай, показывающий, с какою строгостию относился Филарет к самым, по-видимому, незначительным отступлениям в церковной обрядности. Разрешенному Нектарию приказано было жить на Богоявленском подворье впредь до назначения ему кафедры, и он оставался в Москве до смерти Вологодского архиепископа Корнилия (17 марта 1625 г.), когда вновь занял свою прежнюю кафедру, на которой и скончался (3 июня 1626 г.). Митрополит Иона, осудивший некогда Нектария, был свидетелем его оправдания на Соборе и просил прощения у патриарха и у самого Нектария. Вот за такие-то и, может быть, другие подобные поступки митрополит Иона и должен был наконец расплатиться потерею своей кафедры.