Первые годы патриаршествования Иосифа ознаменовались в Москве довольно жаркою и продолжительною полемикою против лютеранизма, в которой принимал участие и сам патриарх. В 1643 г., октября 28-го по приказу государя было объявлено патриарху, что государь посылал в Данию для переговоров с королем Христианом IV одного проживавшего в Москве иностранца, Петра Марселиса, и что вследствие этих переговоров скоро прибудет в Москву сын короля датский королевич Вольдемар для сочетания законным браком с царевною Ириною Михайловною, - объявлено с тем, чтобы патриарх со всем освященным Собором молился Богу и Пречистой Богородице о счастливом окончании начинающегося дела. В начале следующего года Вольдемар действительно прибыл в Москву с посольством от датского короля и пастором своим Матвеем Фильгобером и 28 генваря представился царю. Через десять дней (8 февраля) патриарх Иосиф по царскому приказу послал к королевичу бывшего в Швеции резидентом Димитрия Францбекова и велел ему сказать: "Великий святитель со всем освященным Собором сильно обрадовался, что вас, великого государского сына. Бог принес к великому государю нашему для сочетанья законным браком с царевною Ириною Михайловною, и вам бы, государскому сыну, с великим государем нашим, с царицею и их благородными детьми и с нами, богомольцами своими, верою соединиться". Королевич отвечал, что он не может переменить своей веры; в договоре, заключенном Марселисом, прямо сказано, что ему, королевичу, принуждения в вере не будет, и если теперь его царское величество не изволит делать по статьям того договора, то пусть прикажет отпустить его, королевича, назад к отцу. Францбеков заметил, что теперь ехать ему, королевичу, назад в свою землю было бы нечестно, а лучше бы он поразмыслил и согласился поговорить о вере от книг с духовными людьми. Королевич отвечал: "Я сам грамотен лучше всякого попа, Библир прочел пять раз и всю ее помню; если царю и патриарху угодно поговорить со мною от книг, я готов говорить и слушать". Скоро он объяснился с царем и на словах и письменно и стоял на одном, что переменить веры не может, ссылался на договор, на волю отца. Царь отвечал, что вовсе не хочет принуждать его, королевича, к перемене веры, а лишь просит и молит его о том, потому что иначе и законному браку его с царскою дочерью никак быть нельзя. Королевич просил отпуска в Данию, но царь не отпустил. Он все надеялся, что королевича можно склонить к принятию православия силою убеждений, и приказал действовать патриарху.
21 апреля явился к королевичу посланный от патриарха и сказал: "Послал меня к тебе государев отец и богомолец святейший Иосиф, патриарх Московский и всея России, велел о твоем здоровье спросить и известить тебя: слух до него дошел, что ты, государь королевич, у царского величества отпрашивался к себе, а любительного великого дела, для чего приехал, с царским величеством не хочешь совершить. Так святейший Иосиф о том к твоему величеству советное за своею печатью письмо прислал, чтоб тебе пожаловать вычесть и любительно ответ учинить". В письме патриарх убеждал королевича не упрямиться, послушаться царя государя и соединиться с ним в вере, потом кратко объяснял различие между православным исповеданием и лютеранским и наконец вновь убеждал королевича принять православие и креститься в три погружения, присовокупляя, что возьмет грех на себя, если королевич считает это грехом. Через два дня королевич прислал ответное письмо к патриарху, заключавшее в себе двадцать одну статью, и говорил, что твердость в вере нельзя называть упрямством и в делах веры надобно больше слушаться Бога, чем людей, доказывал правоту своего лютеранского исповедания и достаточность обливательного крещения, просил патриарха походатайствовать пред царем об отпуске его, королевича, в Данию вместе с датскими послами и, между прочим, писал: "Вы призываете нас соединиться с вами в вере и говорите, что если мы видим в этом грех, то вы со всем освященным Собором возьмете грех тот на себя. Мы думаем, что всяк грехи свои несет сам; если же вы убеждены, что по своему смирению и святительству можете брать на себя чужие грехи, то сделайте милость, возьмите на себя грехи царевны Ирины Михайловны и позвольте ей вступить с нами в брак". Патриарх отправил к принцу второе послание, в котором изложил опровержения и возражения на каждую из статей его ответного письма.