Во дни патриарха Иосифа нередко совершались открытия мощей угодников Божиих и явления чудотворных икон, установлялись в честь тех и других праздники или созидались церкви, а для мощей устроялись раки. В 1641 г. по указу царя Михаила Федоровича Новгородский митрополит Аффоний с тремя настоятелями новгородских монастырей и всем своим соборным духовенством свидетельствовал (30 августа) мощи преподобного Александра Свирского, а в 1643 г. по указу того же государя перенес (5 декабря) эти нетленные мощи из Николаевской церкви Свирского монастыря в церковь Преображения Господня и здесь переложил в новую сребропозлащенную раку, которую устроил и прислал из Москвы сам государь. В 1645 г., 5 генваря открыты мощи благоверного великого князя Георгия Всеволодовича (? 1238), и раку для них серебряную, в которой они доселе открыто почивают во владимирском Успенском соборе, устроил "по обещанию" патриарх Иосиф, как гласит ее надпись. В 1647 г. Суздальский архиепископ Серапион донес государю и патриарху, что в Суздальском уезде, в дворцовом селе Глумове, явилась чудотворная икона Божией Матери Казанской и что для расследования совершившихся от нее чудес он посылал ключаря соборной церкви и своего приказного человека, которые и убедились в достоверности этих чудес. Царь и патриарх приказали архиепископу, чтобы он сам съездил на место явления чудотворной иконы, допросил тех, над которыми совершились чудеса, равно как и свидетелей, записал показания тех и других и за подписями их и их отцов духовных прислал в Судный патриарший приказ. В том же году царево-кокшайский воевода Спиридонов писал государю о явлении чудотворной иконы святых жен-мироносиц, прислал самую роспись чудесных исцелений, совершившихся от нее, и бил челом от лица всех жителей Царево-Кокшайска и "новокрещеных" татар, чтобы им дозволено было воздвигнуть церковь на месте явления чудотворной иконы. Государь велел снять список с нее и оставить в Царево-Кокшайске, а подлинную икону прислать в Москву с подобающею честию и разрешил построить на месте явления ее церковь во имя святых жен-мироносиц. В 1648 г., 22 октября, в день празднования Казанской иконе Богоматери Бог, даровал царю Алексею Михайловичу сына Димитрия, и признательный царь повелел, чтобы этот праздник, доселе праздновавшийся в одной только Москве по случаю освобождения ее от поляков, впредь праздновался всегда во всех городах и во всем царстве. В том же году по определению Собора и повелению государя свидетельствованы были 7 ноября мощи преподобного Кирилла Новоезерского Вологодским архиепископом Маркеллом и найдены нетленными, а в 1651 г. для них прислана из Москвы при царской грамоте серебряная рака. В 1649 г. по указу царя и благословению патриарха Иосифа свидетельствованы были архиепископом Тверским Ионою мощи благоверной княгини Анны Кашинской, супруги великого князя Михаила Ярославича Тверского, а в следующем году перенесены из-под деревянной соборной церкви в каменный Воскресенский собор кашинский Ростовским митрополитом Варлаамом в присутствии самого царя Алексея Михайловича и всего его семейства. В 1652 г., 19 генваря в присутствии самого государя и патриарха Иосифа последовало торжественное открытие мощей преподобного Саввы Сторожевского, Звенигородского чудотворца, который причтен был к лику святых еще Собором 1549 г.