Третье прение происходило 3 июня, но ему предшествовали некоторые обстоятельства, о которых предварительно и рассказывает Арсений. Мая 11-го дидаскал Григорий, родом русин, живший у Терговицкого митрополита Стефана, передал Арсению, что Охридонский епископ Даниил, находясь у митрополита Стефана, говорил: "Спорит со мною Арсений, как креститься рукою, будет он в Турецкой земле, сломают ему рога. Было у нас на Афонской горе такое дело: в русском монастыре крестился один старец по московским книгам, и святогорские старцы, собравшись все, соборне осудили его и предали его турку в темницу, а когда он оттуда освободился, то мы закляли его вперед так не креститься и других не учить, московские же книги я присудил сжечь, и они сожжены". В 1-й день июня поп патриарха Паисия Иоасаф после вечерни сказал Арсению: "Я спрашивал в церкви у епископа Даниила, он ли присудил сжечь книги московские на Афонской горе, и он в том не заперся, а сознался при многих свидетелях. Рассказал я о том патриарху, он подивился, старец же Амфилохий, прилучившийся у патриарха, подтвердил, что книги московские пожжены на Афонской горе при нем". На следующий день после утрени патриарх позвал Арсения к себе в келью и расспрашивал: "Где ты слышал и давно ли о сожжении государевых книг на Афоне греками?" Арсений: "Слышал я в Васлуе от старцев Зографского монастыря, да и в Терговище от многих людей, да и епископ Охридонский Даниил похвалялся, что он присудил сжечь те книги". Патриарх: "Напрасно государь царь таким врагам еще милостыню дает; прямо из-за той своей гордости мы и царство свое погубили; если бы и ересь в книгах сыскали, то следовало бы то место помарать, а книг не жечь". И, призвав старца своего Амфилохия, очевидца события, патриарх расспрашивал его подробно пред Арсением. Амфилохий передал, что святогорские старцы, собравшись все, надели на себя епитрахили, а старца серба поставили среди церкви в ризах, судили его, называли еретиком и самого заставили положить книги на огонь; что сожжены именно две великие книги московские в десть, а третья в полдесть; что имя старцу тому Дамаскин и борода у него до самой земли, как у Макария Великого. В 3-й день июня призвал патриарх митрополита Власия и своих архимандритов к себе, равно и старца Арсения, и спрашивал его: "Как ты думаешь о вчерашнем деле и чего от нас хочешь". Арсений: "Владыко святой, не мое то дело; если государь царь Алексей Михайлович узнает о нем, то святогорские старцы, когда будут в Москве бить челом о милостыне, сами дадут государю ответ, за что жгли государевы книги. Я только прошу спросить епископа Даниила, за что они государевы книги пожгли, какую ересь в них сыскали". Позван был епископ Даниил, стали его допрашивать, и он заперся и говорил, что московских книг на Афоне не жгли, а сожгли только сербскую книгу, писанную лет за 130, и что есть письмо о том с Афонской горы к Терговицкому митрополиту Стефану. Но старец Амфилохий, самовидец дела, став по приказанию патриарха пред лицом епископа, подтвердил прежнее свое показание. Тогда Арсений, взяв у патриаршего дидаскала Малахии печатную книгу Грамматику и разогнув ее, поднес к патриарху и сказал: "Вы говорите, что ваши греческие книги правят в Венеции и в Аглицкой земле ваши православные греки. Эта книга напечатана в Венеции, а в книге напечатана самая главная римская ересь: "И в Духа Святаго, Иже от Отца и Сына исходящаго". Вот такие книги следовало бы вам сожигать. В наших же книгах ереси нет; государь царь у нас православный, ереси никакой не любит; книги правят у нас люди избранные и беспрестанно над тем сидят, а над теми людьми надзирают по государеву указу митрополит, и архимандрит, и протопопы, кому государь укажет, и о всяком деле докладывают государю и патриарху". Патриарх: "Нехорошо сделали; мы и латинских книг не жжем, но что ересь, то мараем в них". После этого епископ Даниил был отпущен, а к митрополиту Терговицкому Стефану послали, чтобы дал письмо, присланное с Афонской горы касательно сожжения московских книг. И началось третье прение.