Третьим важным событием 1649 г., совершившимся в Москве, было поставление на кафедру Новгородской митрополии Никона, того самого Никона, которому вскоре выпал жребий принять на себя великий труд такого пересмотра и исправления наших церковных чинопоследований. Никон родился в мае 1605 г. в селе Вельеманове (ныне Княгининского уезда Нижегородской губернии) от крестьянина Мины и назван Никитою. Лишившись матери вскоре после своего рождения, он много терпел в детстве от своей злой мачехи, имевшей у себя детей от прежнего мужа, и, когда начал подрастать, отдан был отцом учиться грамоте. Грамота далась Никите скоро, но когда он от учителя воротился в дом отца, то начал было ее забывать. И потому, чтобы не забыть ее совершенно и более навыкнуть Божественному учению, он решился тайком от отца, взяв у него несколько денег, удалиться в обитель Макария Желтоводского. Здесь чрез посредство какого-то старца, внесши за себя денежный вклад, Никита был принят на жительство с крилошанами и, посещая ежедневно с великим усердием храм Божий, хорошо изучил церковные службы, чтение и пение. Возвратившись домой по просьбе отца незадолго пред его смертию, Никита чрез несколько времени по совету родственников вступил в брак и нашел себе причетническое место в каком-то селе, в котором скоро сделался и священником на двадцатом году своей жизни. Московские купцы, узнавшие о его достоинствах, уговорили его перейти на священническое место в Москву. Десять лет прожил Никита в супружестве, имел трех детей, но, лишившись их одного за другим, уговорил жену свою поселиться в московском Алексеевском монастыре, дал за нее вклад, построил для нее келью, а сам удалился на Белоозеро в Анзерский скит (на острове Анзерском, в 20 верстах от Соловецкого монастыря) и принял там пострижение с именем Никона от самого основателя скита преподобного Елеазара. Скоро Елеазар отправился в Москву для сбора пожертвований на сооружение храма в своем скиту и взял с собою Никона. Но, возвратившись из Москвы, где собрал до пятисот рублей, не спешил приступать к постройке. Никон стал напоминать своему настоятелю, чтобы он начинал постройку, советовал по крайней мере отдать деньги в Соловецкий монастырь для хранения и, наконец, осмелился укорить Елеазара и братию в сребролюбии. Настоятель сделал иноку строгое замечание, и огорченный Никон решился удалиться с Анзерского острова, где провел три года, и перешел в белозерскую Кожеозерскую пустынь. Здесь братия, видя его суровые иноческие подвиги, не замедлили избрать его себе в игумена. И Никон в 1643 г. посвящен был в этот сан Новгородским митрополитом Аффонием. Спустя три года, когда Никон прибыл в Москву по делам своего монастыря и представился царю, еще семнадцатилетнему юноше, то произвел на него самое глубокое и отрадное впечатление. Царь пожелал иметь кожеозерского игумена настоятелем своей царской обители, и патриарх тогда же (1646) произвел Никона в архимандрита Новоспасского московского монастыря. А чтобы чаще видеть излюбленного архимандрита и пользоваться его беседами, царь приказал ему каждую пятницу приезжать к заутрене в придворную церковь. Во время этих бесед Никон стал ходатайствовать за обидимых и угнетенных, вдов и сирот и тем еще более привлек к себе впечатлительное сердце молодого государя. Алексей Михайлович поручил ему принимать челобитные от всех нуждающихся в царской милости и управе. И когда Никон привозил эти челобитные, которые во множестве подавались ему и в обители его, и на пути во дворец, царь выслушивал их тотчас после заутрени, не выходя из церкви, и тут же давал по ним решения. Имя Никона сделалось славным во всей Москве, и в нем увидели большого человека. Когда Новгородский митрополит Аффоний по дряхлости и слабости отказался от своей кафедры (7 генваря 1649 г.) и отошел на покой в Хутынь монастырь, то по желанию царя на эту высшую после патриаршей кафедру избран был новоспасский архимандрит Никон. И 11 марта он был посвящен в митрополита Новгородского в Успенском соборе святейшим патриархом Иосифом. Находившийся тогда в Москве Иерусалимский патриарх Паисий легко заметил и отличил Никона. В письме своем пред наступлением Великого поста, поданном в Посольский приказ на имя государя, Паисий под самый конец присовокупил: "Находясь в прошедшие дни у вашей милости, я говорил с преподобным архимандритом спасским Никоном, и полюбилась мне беседа его. Он муж благоговейный, и досужий, и преданный вашему царскому величеству. Прошу, да будет он иметь свободу приходить к нам для собеседований на досуге, без запрещения вашего величества". В другом письме на имя государя, посланном в Посольский приказ уже по рукоположении Никона в архиерейский сан, Паисий выражался: "Прославляю благодать Божию, которою просветил вас Дух Святой, чтобы избрать и возвести на св. престол митрополии Новгородской такого честного мужа и преподобного священноинока господина архимандрита Никона. Он достоин утверждать Церковь Христову и пасти словесные Христовы овцы… Я, богомолец ваш, очень тому обрадовался. И если будет позволение вашего царского величества, то и мы от благодати, что имеем от св. мест, подарим ему одну мантию". Государь, верно, дал позволение, потому что Паисий действительно подарил Никону мантию при своей грамоте (от 5 мая), в которой написал: "Видя его, Никона, добродетели и достоинства и не имея ничего, чтобы оставить ему в дар, мы дали ему власть и благословили его носить мантию с червлеными источниками во все дни жизни своей, и никто его о том да не истязует". Никону-то как сильному у государя сообщал Паисий и свои замечания об отступлениях Русской Церкви, особенно о двуперстии, и, конечно, не без советов Никона состоялась известная поездка Арсения Суханова на Восток и вызов киевских ученых в Москву. Отпустив своего любимца в Новгород, царь поручил ему иметь наблюдение и над гражданскими властями, посещать темницы, выслушивать узников и освобождать невинно осужденных. И Никон вполне оправдал доверие царское и высшей духовной власти. Он весьма часто совершал Божественные службы, говорил собственные проповеди и поучения, которыми привлекал множество народа, владея голосом сильным и приятным. Устроил в Новгороде для убогих сирот четыре новые богадельни, испросив на них ежегодное пособие от государя, во время голода открыл в своем доме большую палату, называвшуюся погребною, и кормил в ней ежедневно от ста до трехсот и более приходивших бедных, а другим раздавал милостыню, и когда в Новгороде случилось возмущение в марте 1650 г., то хотя сам много пострадал от бунтовщиков и был совершенно избит ими, но своею твердостию и увещаниями к народу и особенно своими вестями, которые находил возможность пересылать государю, несмотря на все препятствия, много способствовал к прекращению мятежа, за что и удостоился от государя великих милостей. Алексей Михайлович вел с Никоном частую переписку и каждую зиму приглашал его к себе в Москву и удерживал его здесь на целые месяцы. Никон имел уже возможность, будучи только митрополитом, оказывать огромное влияние на церковные дела и пользовался ею.