О действиях Феофана начали доходить до короля разные неблагоприятные слухи, и Феофан счел нужным отправить к нему своих чернецов с письмом, в котором, вероятно, объяснял свои действия и намерения и просил об отсрочке для своего пребывания в Киеве. Чернецы были приняты коронным подканцлером Луцким бискупом Андреем Липским и представлены королю, как о том извещал патриарха сам бискуп (от 1 августа). А на письмо Феофана отвечал сам король своим письмом (от 1 августа), в котором говорил, что, несмотря на все слухи, не имеет против него подозрений, благосклонно сносит его пребывание в своих владениях, дозволяет ему все, о чем он просил, и что приказал уже своему коморнику сопровождать его до границы, в заключение же приглашал патриарха даже посетить свой королевский двор, если найдет то для себя удобным. Вместе с тем король действительно послал (от 31 июля) свой приказ коморнику Почановскому, чтобы он сопровождал патриарха до границы, и универсал к обывателям украинским и волынским, чтобы они оказывали патриарху надлежащее внимание и уважение.
К 15 августа, храмовому празднику Киево-Печерской лавры, по древнему благочестивому обычаю собралось в Киев бесчисленное множество православных, духовных и мирян, панов и простонародия, со всех сторон Литвы и Польши, и все просили патриарха Феофана, чтобы он поставил для них православного митрополита и епископов. Феофан сначала не соглашался, потому что боялся короля и ляхов. Но потом "святейшаго патриарху взяша на рамена и опеку свою благочестивое войско (козаки) и гетман, глаголемый Петр Сагайдачный", и патриарх согласился. Он дал совет, чтобы православные сами избрали и представили ему кандидатов для занятия архиерейских кафедр в Киевской митрополии. А между тем пока происходило это избрание, Феофан не переставал раздавать свои благословенные грамоты городам и братствам. Так, 7 сентября он послал из города Белой Церкви, где, следовательно, тогда находился, благословенную грамоту жителям Львова, в которой восхвалял их ревность по вере, их школу и типографию и подтверждал все права Львовского братства как патриаршей ставропигии. Разослал потом грамоты жителям города Минска (в сентябре) и города Рогатина, благословляя в особенности и утверждая существовавшие там братства, также гражданам Перемышля (от 18 октября), убеждая их стоять твердо и непоколебимо в православной вере; подтвердил устав виленского Свято-Духовского братства и пр.
Когда лица для занятия архиерейских кафедр были избраны, Феофан решился совершить посвящение их с возможною осторожностию и тайною, так как не было испрошено на то дозволения от короля. Первым рукоположен был во епископа на кафедру Перемышльскую межигорский игумен Исаия Копинский. Это происходило 6 октября в Богоявленской церкви Киево-братского монастыря ночью, окна церкви были закрыты и завешены, богослужение совершалось тихо, при пении одного патриаршего певца Гавриила. В рукоположении Исаии вместе с патриархом принимали участие Болгарский митрополит из Софии Неофит, издавна уже пребывавший в Западнорусском крае, и Стагонский епископ Авраамий, как и сказано в настольной грамоте, данной тогда Исаии. Спустя три дня, 9 октября, в той же братской Богоявленской церкви и таким же точно образом посвящен был на митрополию Киевскую и Галицкую игумен Златоверхого Михайловского монастыря Иов Борецкий, бывший прежде ректором львовского училища и потом киево-братского. В числе кандидатов, избранных на архиерейские места, находился и знаменитый архимандрит виленского Свято-Духовского монастыря Леонтий Карпович и считался номинатом, или нареченным, именно на епископство Владимирское и Брестское. Но Леонтий лежал тогда в тяжкой болезни и не мог сам ехать в Киев, а послал только от себя на поклон патриарху в качестве послушника своего славного ученостию Мелетия Смотрицкого, не имевшего еще и пресвитерского сана. Несмотря, однако ж, на это, когда Мелетий приехал в Киев, то послы, прибывшие с ним из Вильны от тамошних православных панов и других обитателей с великими дарами к патриарху, упросили последнего посвятить и Мелетия в архиереи, и Феофан посвятил его на архиепископию Полоцкую при участии митрополита Иова и епископов - Исаии Перемышльского и Авраамия Стагонского. Само собою разумеется, что сначала Мелетий был рукоположен в диакона, потом во пресвитера и наконец во епископа, - это совершилось в продолжение семи недель, и следовательно, епископский сан получил Мелетий около половины октября, если допустить, что он прибыл в Киев к 15 августа или вскоре за тем. По крайней мере несомненно, что к ноябрю Мелетий возвратился уже в Вильну с именем архиепископа Полоцкого.