В отечество возвратился Мелетий после двухлетнего отсутствия к концу 1625 или в самом начале следующего года и был встречен единоверцами с величайшею неприязнию. Дело в том, что еще до возвращения его игумен дубенских монастырей Кассиан Сакович распространил между ними молву о тех замыслах против православной Церкви, с какими отправлялся Мелетий на Восток. Мелетия тотчас начали допрашивать, зачем он ездил, и не хотели верить никаким его объяснениям. А когда сделалось известным, что он привез с собою грамоту Константинопольского патриарха и Собора, по которой все ставропигиальные монастыри и братства, кроме Львовского и Виленского, лишались своих ставропигиальных прав и подчинялись власти епархиальных архиереев - в этом-то, вероятно, и состояло поручение, какое давал митрополит Иов Мелетию, - тогда волнение против Мелетия еще более усилилось. Обиженных этою грамотою нашлось слишком много, и его, как сам он выразился в одном письме, "только что не распяли". А Захарий Копыстенский, архимандрит Киевской лавры, издавна считавшейся ставропигиею, распорядился, чтобы ни один из киевских монастырей не давал Мелетию квартиры. Возбуждение недовольных простерлось и на митрополита Борецкого, и кто-то неизвестный написал и распространил между православными брошюру, в которой, попирая ногами листы, присланные патриархом чрез Смотрицкого, прямо называл Борецкого и Смотрицкого отступниками. К счастию, скоро представился им случай опровергнуть эту клевету. В неделю православия (26 февраля 1626 г.) они при многочисленном стечении духовенства, дворянства, киевских городских властей, церковного братства и народа показали несомненные знаки своей невинности и верности православию, совершив торжественный обряд анафематствования на всех отступников и еретиков. Но и после этого волнение не унималось, и потому митрополит признал нужным разослать (9 мая) окружную грамоту, в которой снова защищал себя и Смотрицкого против клеветы неизвестного писателя, удостоверял всех, что как доселе они неизменно держали восточное исповедание, так и впредь держать будут, что они не имели никаких сношений с отступниками и что ничего не предпримут без воли всей православной Церкви. Положение Смотрицкого было весьма тяжелое; он проживал вне Киева в Межигорском монастыре, откуда и писал (29 августа) игуменье виленского женского монастыря, существовавшего при Свято-Духовском мужском Александре Куликовской, что напасти, обрушившиеся на него от лжебратий, превосходят его терпение и от оклеветания он находился доселе как бы в забытьи, что только теперь отчасти утихло волнение и он пришел в себя и пр. Из того же письма видно, что Мелетий писал тогда и ко всему виленскому Свято-Духовскому братству. Но возвратиться в свой Свято-Духовский монастырь он уже почему-то не решился, а задумал искать себе другого монастыря Дерманского. Для этого в последние месяцы 1626 г. Мелетий обратился к князю Янушу Заславскому, воеводе волынскому, отцу брацлавского воеводы князя Александра Заславского, во владениях которого находился Дерманский монастырь. Александр был ярым католиком. Януш ходатайствовал за Смотрицкого пред сыном. Случилось так, что в доме Александра находился тогда митрополит Рутский, у которого Александр и спросил мнения. Рутский отвечал, что Смотрицкий - злой схизматик и отлучен им от Церкви и что тогда только можно дать ему Дерманский монастырь, если он примет унию. Спустя несколько времени явился к князю Александру в город Дубны и сам Смотрицкий с своею просьбою и на предложение князя принять унию тотчас выразил свое согласие. Но лишь только Смотрицкий уехал, князь послал вслед ему обширное письмо (от 19 февраля 1627 г.), в котором, напоминая ему его непостоянство, как и прежде он давал обещания униатам и не исполнял, напротив, преследовал их своими резкими сочинениями, настоятельно требовал, чтобы Мелетий дал теперь письменное обязательство исполнить свое слово. Мелетий немедленно возвратился к князю, сознался пред ним во всех прежних своих винах и клятвенно удостоверил, что готов принять унию непосредственно от самого митрополита Рутского, которого и просил о том уведомить. Князь обо всем написал Рутскому (23 февраля) и обещался известить его, как только Смотрицкий возвратится из Киева, куда теперь отправился, а отправлялся он туда с целию упросить митрополита Иова, чтобы он созвал в Киеве Собор на 8 сентября. Получив известие о возвращении Смотрицкого в Дубны, Рутский, находившийся тогда в Люблине на трибунальном сейме, внезапно оставил сейм, поспешил в Дубны и, прибыв туда ранним утром 6 июля, тайно проведен был в замок князя. Здесь Смотрицкий произнес перед униатским митрополитом исповедание веры по обычной формуле, установленной для обращающихся к латинству греков, сам переписал свое исповедание и укрепил собственноручною подписью, и Рутский разрешил его от анафемы и принял в лоно своей Церкви. Тотчас об этом отправлены были письма в Рим к папе и кардиналу Бандину как от самого Смотрицкого, так и от Рутского и от князя Александра. До получения из Рима ответа Рутский дозволил Смотрицкому скрывать его обращение к унии и по-прежнему называться архиепископом Полоцким и во время богослужения поминать имя патриарха и посвящать схизматических священников.