Непродолжительно, однако ж, было раскаяние Смотрицкого. Как только он вырвался из Киева и возвратился в свою Дерманскую обитель, он тотчас написал на польском языке "Протестацию против Киевского Собора 1628 года" и 7 сентября уже напечатал ее во Львове. В ней, излагая историю дела по-своему, Мелетий жаловался особенно на митрополита Иова и Петра Могилу, что они обходились с ним слишком сурово и несправедливо, не хотели выслушать никаких его оправданий, действовали на него одними угрозами; объявлял всем, что отрекся от своей "Апологии" не добровольно, а по принуждению, из страха смерти; выражал сожаление, что не вкусил славной смерти за истину; отрекался пред всем русским народом от всего, что говорил, писал и подписал на этом Соборе; исповедовал свой грех пред Богом и всею католическою Церковию и просил молиться за него и пр. Вскоре явилось и другое сочинение Смотрицкого. Еще в день своего приезда в Киев, 13 августа, он получил письмо от виленского Свято-Духовского братства и монастыря, которые просили его разрешить их недоумение, "так как одни считают его униатом, а другие утверждают, что он замышляет какие-то новости и покушается разорвать Русь на три части". Смотрицкий тогда же кратко отвечал, что вовсе не думает троить Русь, а желает и старается, чтобы и раздвоенную Русь привести к соединению. Теперь, живя спокойно в своей Дерманской обители, он написал и 12 декабря отправил в Вильну обширный ответ, который в следующем году и напечатал под заглавием "Паренесис (Увещание) к виленскому Свято-Духовскому братству, а в лице его и ко всему тамошнему русскому народу". Здесь Смотрицкий уже не скрывается, что принял унию, и объясняет, почему принял; убеждает всех последовать его примеру; напоминает братчикам, как они еще в 1623 и 1626 г. высказали желание войти в соглашение с униатами, да только не решились отказаться от Константинопольского патриарха; советует им избрать себе отдельного, самостоятельного патриарха у себя дома; утверждает, что они напрасно борются против унии, что уния непременно восторжествует и Русь рано или поздно сделается униатскою и пр. …Со стороны православных выступил против Смотрицкого слуцкий протоиерей Андрей Мужиловский и издал "Антидотум (Противуядие)" против его "Апологии". В "Антидотуме" доказывалось, по местам довольно резко и бранчиво, что Смотрицкий говорит неправду в своей "Апологии", излагая побуждения, заставившие его путешествовать на Восток, и умствует неосновательно и несправедливо, усвояя всей Русской Церкви заблуждения только некоторых ее писателей; опровергались рассуждения Смотрицкого об исхождении Святого Духа и от Сына, о главенстве папы, о чистилище, об опресноках и пр., приложенные к "Апологии", и сам Смотрицкий изображался как человек двуличный, беспокойный и крайне непостоянный, перешедший в унию только по своекорыстию и гордости. "Антидотум" посвящен был митрополиту Иову и вышел из печати не позже конца 1628 или начала следующего года, так как 3 апреля последнего года Смотрицкий издал уже свое опровержение на эту книгу под названием "Экзетесис, или Росправа, между Апологиею и Антидотумом". Тут Смотрицкий нападает с бранью не только на самого Мужиловского, но и на всю православную Церковь, на Константинопольского патриарха Кирилла Лукариса, называя его прямо кальвинистом, на прочих восточных архипастырей, представляя их совершенными невеждами, на русских архипастырей и пастырей, величая их еретиками, наемниками, невеждами, и на всех православных русских, укоряя их в жестоком обращении с униатами, оправдывает себя против обвинений, взведенных на него Мужиловским, и оканчивает убеждениями к русским принять унию для их собственного блага.
Дело Смотрицкого возбуждало живейшее участие в Риме. Там была великая радость, когда получены были известия о принятии им унии. И сам папа Урбан VIII удостоил его своим посланием (от 7 октября 1628 г.), в котором, приветствуя его с обращением из схизмы к католической Церкви, выражал желание, чтобы он старался обратить и других схизматиков. Все сочинения Смотрицкого, начиная с "Апологии", написанные в защиту унии и латинства против православия, вызывали между католиками неумеренные похвалы. Многие, в том числе кардиналы, писали к нему письма и величали его ученейшим мужем и польским Цицероном. Сам папа пожелал иметь эти сочинения в латинском переводе - Мелетий перевел свои сочинения и переслал папе, а папа приказал положить манускрипт Мелетиев в своей избранной апостолической библиотеке в замке Святого ангела.