В 1806 г. министром иностранных дел назначается барон А. Я. Будберг. Это назначение бывшего генерала от инфантерии было обусловлено, кроме его успешной деятельности в Стокгольме в 1797— 1801 годах и близости его к императору Александру I, также тем, что он всецело разделял мысли царя о необходимости продолжения вооруженной борьбы с Наполеоном. Мирный договор с Францией, подписанный русским поверенным П. Я. Убри в Париже 8 июля 1806 г., не был утвержден императором Александром I, причем новый министр иностранных дел барон Будберг разъяснил Государственному совету, что Убри не понял данного ему поручения и превысил свои полномочия. Решено было продолжать войну, и русская армия 22 октября 1806 г. перешла границу, выступив на защиту Пруссии. В бытность Будберга министром экспедиции Канцелярии получили названия отделений, во главе которых, как и раньше, находились управляющие. Ими были: М. Ф. Юдин, П. Я. Убри, А. А. Жерве, С. М. Броневский. Канцелярия министра очень быстро сосредоточила в себе всю политическую переписку с дипломатическим корпусом и с русскими представителями за границей.
Поражение под Фридландом 2 июня 1807 г. показало нецелесообразность дальнейшей борьбы с Наполеоном и привело к заключению перемирия 9 июня. Враждебное отношение к Франции сменилось отношениями тесного союза. 13 июня 1807 г. состоялось свидание императора Александра I с Наполеоном на плоту, посреди реки Неман, против Тильзита. 25 июня (7 июля) 1807 г. вместе с мирным договором подписан был в Тильзите трактат наступательного и оборонительного союза с Францией. Вполне естественно, что уже 30 августа 1807 г. барон Будберг высочайшим указом был уволен с поста министра иностранных дел, а 12 февраля следующего, 1808 г., он окончательно вышел в отставку.
В начале XIX в. канцелярия МИД не имела строго определенного устройства и дела ее распределялись среди личного состава по усмотрению министра. До 1808 г. начальником I экспедиции, куда входила цифирная часть, являлся А. А. Жерве. Затем он назначается управляющим канцелярией, а начальником этой экспедиции, преобразованной в отделение, становится X. И. Миллер. Дешифровальную часть в этот период возглавляет Христиан Бек. Сохранились некоторые документы, позволяющие судить о характере деятельности секретной экспедиции канцелярии МИД периода начала XIX в. и войны с Наполеоном.
Письмо от 8 марта 1812г. Х.И. Миллеру:
X. И. Миллер и А. Ф. Крейдеман являлись не только составителями лексиконов, т.е. словарей к шифрам, но и самих шифров. Эту работу выполняли и некоторые другие сотрудники. После составления цифири специалистом–криптографом в XVIII в. она набело переписывалась от руки специальным секретарем в нужном количестве экземпляров. Теперь цифири изготовлялись уже типографским способом. В отношении каждой цифири заведующим секретной экспедицией при этом составлялась докладная записка такого содержания: