Скоро подъехали поляки и стали допрашивать его, как старосту: «Где боярин? Мы знаем, что он здесь был». На это Сусанин отвечал им, что был, да ушел на охоту, и указал на снегу следы боярских сапожков. Тогда поляки потребовали, чтобы он вел их в лес; Сусанин согласился на это и завел их в самую чащу, а взятого с собой Богдана Сабинина незаметно послал сказать Михаилу Феодоровичу, чтобы он спасался в Костромской Ипатьевский монастырь. Долго шли поляки, и, когда наступила ночь, им стало ясно, что Сусанин их обманывает. Тогда они стали требовать, чтобы он их вывел на большую дорогу, но Сусанин отказался от этого, несмотря на угрозы, и даже объявил, что нарочно завел их в непроходимую чащу.
Поляки должны были сами выбираться из леса; после многих плутаний и невзгод они вышли к деревне Исупово; здесь, как говорится в указе Конюшенному приказу от 19 мая 1731 года, они его «пытали разными немерными пытками и, посадя на столб, изрубили в мелкие части». По преданию, изрубленное тело Сусанина было найдено только на третий день и доставлено в Деревеньки, где Михаил Феодорович оставался спрятанным. Когда государь услышал громкий плач, то, еще не зная, в чем дело, он вышел из своего убежища, затем сам обмыл останки верного слуги, положившего за него жизнь, и во время похорон рыдал над ним, как над родным отцом.
После своего спасения Михаил Феодорович отправился к матери в Кострому, откуда они проследовали, несмотря на опасности от польско-литовских людей, в Макарьевский на Унже монастырь, основанный святым Макарием Желтоводским и Унженским, и провели в нем несколько дней в посте и молитве, благодаря преподобного за освобождение от врагов и дав обет вновь прибыть на богомолье в обитель, если Господу угодно будет освободить от польского плена отца Михаила Феодоровича – Филарета Никитича.
Затем сын с матерью, взяв с собой из Деревенек оставшуюся сиротою дочь Сусанина Антониду, бывшую тогда невестой Сабинина, вернулись в Кострому и поселились в Ипатьевском монастыре – в палатах, принадлежавших боярам Романовым.
Посольство от собора, снаряженное с целью просить Михаила Феодоровича на царство, согласно полученному наказу отправилось первоначально в Ярославль, так как никто в точности не был осведомлен, где находится государь, и уже из Ярославля оно держало путь прямо на Кострому, куда и прибыло 13 марта, остановившись в пригородном селении Новоселках. Отсюда послы отправили к Михаилу Феодоровичу просьбу указать, когда ему благоугодно будет их принять. «И Государь Царь и Великий Князь Михаил Феодорович всея России, – доносили послы в Москву, – нас пожаловал, велел нам быти у себя, Государя, марта в 14-й день».
14 марта «архиепископ же Феодорит и боярин Федор Иванович Шереметев и все люди приидоша в соборную церковь Пречистыя Богородицы и пеша молебны и взяша честныя кресты и местный чудотворный образ Пречистыя Богородицы Феодоровския и многия иконы и поидоша в Ипацкий монастырь, и пеша молебны у Живоначальныя Троицы, и приидоша к нему, государю, и к матери его, великой государыне, старице иноке Марфе Ивановне, и падоша вси на землю: не токмо что плакаху, но и воплю велию бывшу. И молиша его, государя, чтобы шел на свой царский престол, на Московское государство», – рассказывает «Новый летописец».
Крестный ход с посольством был встречен Михаилом Феодоровичем и инокой Марфой у ворот Ипатьевского монастыря, в котором «быша» тогда «звон велик для пришествия честных и чудотворных икон».
Конечно, и сын и мать знали, для чего прибыло к ним посольство, и были этим до глубины души взволнованы. С умилением приложившись к честным иконам и выслушав челобитье архиепископа Феодорита и боярина Шереметева о призвании на царство, Михаил Феодорович не мог удержать слез, омочивших его прекрасные, всегда немного грустные очи, но затем он с великим гневом отказался принять царский венец.
Так же решительно отказала послам и инокиня Марфа, прямо высказав при этом причины своего отказа. «И государыня, инока Марфа Иоанновна, – говорится в «Книге об избрании и венчании на царство Михаила Феодоровича», – у архиепископа Феодорита со властьми, и у боляр, у Феодора Иоанновича Шереметева с товарищи, всенародного прошения и челобитья выслушав, им отказала. А говорила, что у него, Государя, Михаила Феодоровича, и у нее, государыни, чтоб на таких великих преславных государствах быти Государем, и в мысли нет. Потому что он, Государь, во младых летех.