Новое царствование началось с милостей: не только своим мнимым родственникам Нагим, но и всем подвергнутым опале при Борисе была дарована свобода; несколько лиц были пожалованы боярами и окольничими, а также были учреждены некоторые новые должности по польскому образцу: молодой князь Михаил Скопин-Шуйский был назначен великим мечником; дьяки Сутупов и Афанасий Власьев – великими секретарями; не был забыт и страдалец далекой Сийской обители Филарет Никитич; он был возведен в сан митрополита Ростовского, хотя и отклонял от себя это высокое звание; бывшую же его жену, старицу Марфу, с сыном Михаилом поместили в его епархии, в Ипатьевском Костромском монастыре, основанном в XIV веке предком Годунова – мурзою Четом.
Слепой царь Симеон Бекбулатович был также возвращен ко двору; наконец, разрешено было перевести тела Романовых и Нагих, погребенных в ссылке, и похоронить их с предками. Вместо сведенного Иова патриархом был назначен ловкий грек Игнатий, бывший рязанским епископом и первый из русских архиереев признавший Лжедимитрия. Затем всем военнослужилым людям было удвоено содержание, а духовенству подтверждены старые льготные грамоты и даны новые.
Осыпая милостями Нагих, новый царь, однако, никого из них к себе особенно не приближал; даже за его названной матерью – инокиней Марфой – был послан великий мечник князь Михаил Скопин-Шуйский не сразу. О том же, чтобы облагодетельствовать и приблизить к себе тех таинственных доброхотов, которые будто бы чудесно спасли юного царевича Димитрия, не было и помину. Самым близким лицом к новому царю стал Басманов.
С Лжедимитрием прибыли не только поляки, но и атаман Корела со своими донцами. Те и другие стали, конечно, держать себя в Москве как победители и своею наглостью, особенно же по отношению женщин, не замедлили вызвать неудовольствие жителей. Этим, по-видимому, поспешили воспользоваться Шуйские, которые, как имеющие наиболее прав на престол, особенно тяготились самозванцем, тем более что он с первых же шагов проявил себя очень надменным по отношению к боярам. Почти немедленно после прибытия Лжедимитрия Басманов донес ему, что какой-то торговый человек Федор Конев и Костя-пекарь, научаемые князем Василием Ивановичем Шуйским, пускают в народе слухи, что новый царь – вор и расстрига, так как истинный царевич Димитрий погребен в Угличе.
Шуйского схватили, и собор из духовенства и членов думы осудил его к смертной казни, которая была назначена на 25 июня. Стоя у плахи уже с расстегнутым воротом рубахи, князь Василий Иванович с твердостью объявил окружавшей его толпе: «Братия, умираю за истину, за веру христианскую и за вас». Но в это время послышались крики: «Стой», и к Лобному месту прибыл скачущий из Кремля гонец, привезший помилование Шуйскому. Народ приветствовал шумными кликами великодушие нового царя, а Шуйский с братьями был отправлен лишь в ссылку. Чем руководствовался самозванец в этом поступке – неизвестно: может быть, он хотел поразить всех своим великодушием, но вернее предположение, что он побоялся казнить одного из самых сильных бояр, имевшего множество сторонников среди московского населения. Вероятно, по этой же причине он вскоре совершенно простил Шуйских, вернул их в столицу и дал прежние должности при дворе.
Бывшая царица, инокиня Марфа, прибыла в Москву только 18 июля. Лжедимитрий выехал ей навстречу в село Тайнинское; здесь был раскинут шатер, в котором они имели свидание наедине. Из шатра оба вышли, оказывая друг другу самые нежные чувства; народ плакал при виде трогательной встречи матери с сыном. От Тайнинского до Москвы царь почтительно шел все время пешком рядом с материнской каретой. В Москве инокиня Марфа поместилась в Вознесенском монастыре, где Лжедимитрий ежедневно ее посещал.
Вслед за приездом мнимой матери Расстрига венчался на царство, причем все присутствующие были немало удивлены, когда, после совершения обряда, его приветствовал один из прибывших с ним иезуитов речью на латинском языке.
Несмотря на хвастливые слова, обильно расточаемые иностранцам об обширных преобразованиях, которые он намерен был дать Московскому государству, деятельность Лжедимитрия по внутреннему управлению была крайне незначительна; мнение некоторых поляков, что он преобразовал Боярскую думу в Сенат по образцу польского, – совершенно неверно; Лжедимитрий советовался, как и прежние цари, с думными людьми так называемого «Царского Синклита» и с высшим духовенством, с членами «Освященного Собора», в состав которого входили патриарх, четыре митрополита, семь архиепископов и три епископа; поводом же к мнению об учреждении им Сената могло послужить то обстоятельство, что грамоты его часто писались его поляками-секретарями – Слонским и двумя братьями Бучинскими, почему в них иногда попадались польские выражения «сенаты, сенаторы».