В 1888 году Холл стал первым президентом университета Кларка (г. Вустер, штат Массачусетс). Прежде чем занять этот пост, он предпринял длительное турне за границу, чтобы изучить деятельность европейских высших учебных заведений и пригласить во вверенный ему университет талантливых преподавателей и исследователей. Эта поездка стала также «оплаченным отпуском за еще не начатую работу… Было множество остановок, никак не оправданных целью путешествия. — например, посещение Российской военной академии, развалин древнегреческого акрополя и стандартный набор из публичных домов, цирков и прочих достопримечательностей» (Roelsch. 1987. P. 21).
Работая в университете Кларка, Холл взял за образец немецкие университеты и университет Джонса Хопкинса, причем с упором не на обучение, а на научные исследования. К сожалению, основатель университета Кларка — богатый торговец Джонас Гилман Кларк — не разделял идей Холла и не выделял ему денег столько, сколько тот ожидал получить на нужды аспирантуры. Кларк умер в 1900 году, на свои деньги он завещал основать колледж — идея, против которой выступал Холл, но которую долго лелеял при жизни сам Кларк.
При Холле двери университета Кларка — не в пример большинству учебных заведений США — широко открылись для женщин и представителей этнических меньшинств. Хотя Холл и разделял общенациональную позицию, возражая против совместного обучения лиц обоего пола, он принимал женщин в аспирантуру и на должности младших преподавателей. Он также предпринял необычный шаг, когда пригласил поступить в Кларк студентов из Японии, и уж совсем беспрецедентным поступком стал прием в аспирантуру афро — американцев. Первым черным американцем, получившим докторскую степень в области психологии, был ученик Холла Френсис Самнер. Он сделал блестящую карьеру и возглавил отделение психологии Гарвардского университета в Вашингтоне, где «установил твердую программу по преодолению дефицита психологии для черных и черных в психологии» (Dewsbury & Pickren. 1992. P. 137). В то время как в большинстве университетов на преподавательские должности не допускались евреи, Холл отказывался ограничить их права на работу (Guthric. 1976; Sokal. 1990).
Холл был не только президентом университета Кларка, но, будучи профессором психологии, преподавал там в аспирантуре. На собственные деньги он начал издавать журнал «Педагогическая школа» (Pedagogical Seminary), ныне — «Журнал генетической психологии» (journal of Genetic Psychology), где печатались материалы по педагогике и детской психологии. В 1915 году Холл основал «Журнал прикладной психологии» (Journal of Applied Psychology), который стал шестнадцатым по счету психологическим изданием в США.
В 1892 году была основана Американская психологическая ассоциация (АРА) — во многом благодаря усилиям Холла. Началось все со встречи десятка психологов в кабинете Холла в его доме, где и был разработан проект новой организации, президентом которой избрали Холла. К 1900 году ассоциация насчитывала 127 членов.
Свой интерес к религии Холл поддержал основанием Школы религиозной психологии Кларка и «Журнала религиозной психологии» (Journal of Religious Psychology, 1904 г.), который просуществовал около десяти лет. В 1917 году вышла книга Холла под названием «Иисус Христос в свете психологии» (Jesus, the Christ, in the Light of Psychology). Его видение Иисуса как своего рода <сверхчеловека> не нашло одобрения церкви (Ross. 1972. P. 418).
В течение тех 36 лет, когда Холл был главой университета Кларка, психология в нем процветала. За это время там защитили диссертации более восьмидесяти молодых ученых — психологов. Его студенты вспоминали долгие, но оживленные семинары, которые Холл проводил у себя дома по вечерам в понедельник. На этих занятиях преподаватели устраивали проверочные испытания для аспирантов. К концу каждой встречи, которые длились порой до четырех часов, прислуга приносила в кабинет гигантскую бадью мороженого.
Комментарии Холла к контрольным работам его студентов зачастую были разгромными. Льюис Терман вспоминал, что «Холл при проверке работ проявлял столько эрудиции и воображения, что нас всегда это поражало. Его экспромты на полях были неизмеримо глубже самой работы, на которую студент затратил месяцы тяжкого труда». По окончании вечерних занятий, рассказывал Терман, «я всегда шел домой ошеломленный и будто пьяный, принимал горячую ванну, чтобы успокоиться, а после часами лежал с открытыми глазами и мысленно повторял те умные фразы, которые должен был бы сказать, но не сказал в тот вечер» (цит. по: Sokal. 1990. P. 119). Аспиранты благоговели перед Холлом. Один из них вспоминал: