В том же 1358 г. Париж открыл ворота перед дофином Карлом, который первым делом казнил ближайших сторонников Марселя и отменил все решения Генеральных Штатов. Карл, физически слабый и трусливый человек, оказался незаурядным государственным деятелем. Ему удалось заключить с Англией в 1360 г. мир. По этому миру почти треть территории Франции переходила под английское управление, подтверждались обязательства по выплате все еще не внесенного выкупа за Иоанна II, но главное, чего все же удалось добиться дофину Карлу, — Эдуард III отказывался от претензий на французскую корону. После подписания мира Иоанн Добрый был под честное слово отпущен из плена во Францию, чтобы ускорить сбор денег, но убедившись, что собрать деньги невозможно, вернулся в 1364 г. в Англию, где вскоре умер. Его рыцарское слово оказалось более надежным, чем слово Карла Злого, но, правда, оно давалось равному — английскому королю, а не мятежному простолюдину. Дофин вступил на престол и постарался оправдать данное ему прозвище Мудрого. Отменив все решения Генеральных Штатов, он все же упорядочил взимание налогов, увеличил число наемных отрядов, активно пользовался техническим нововведением той эпохи — артиллерией, всячески стремился укрепить дисциплину в армии. Когда в 1369 г. война возобновилась, военное счастье стало склоняться на сторону Франции, и к середине 70-х годов в руках англичан осталось лишь шесть городов на побережье Франции. Изменился сам характер войны. Прежде благородные рыцари сражались с другими благородными рыцарями во славу своих сюзеренов, своих дам и свою собственную, что, впрочем, не исключало их стремления к добыче. Все это осталось, но было оттеснено на второй план, а на первый вышла национальная война — одного государства против другого.
Религиозный и социально-экономический кризис в Европе вызвал волну переплетающихся между собой антидворянских и антицерковных (но никак не антирелигиозных) настроений, причем это происходило и среди ученых людей, и в народе.
Идеи «бедной церкви», «апостольской нищеты» распространялись еще в XII—XIII вв. и среди еретиков, и в ряде церковных организаций, в частности в ордене францисканцев. Именно францисканцы, бродячие проповедники, близкие к народным низам и одновременно, как и доминиканцы, игравшие значительную роль в университетах, встали в оппозицию к слабеющему папству. Один из крупнейших философов первой половины XIV в. францисканец из Англии Уильям Оккам отстаивал полное разделение духовной и светской властей, требовал невмешательства церкви в дела государства и писал, что любой чин церкви, даже папа, может впасть в заблуждение и ересь.
Вопрос о власти церкви пересекался с вопросом о церковной собственности. Радикальные богословы из францисканского лагеря настаивали на том, что, раз Царство Божие не от мира сего, то и церковь должна быть не от мира сего, не обладать ни собственностью, ни властью. Требования апостольской бедности во многих народных движениях приводили к идее равенства всех людей перед Богом и к идее отмены собственности. Подобные взгляды сочетались с представлениями о тысячелетнем Царстве Божьем, которое будет предшествовать Концу света и Страшному суду. Тех, кто считал, что такое Царство скоро наступит, называли хилиастами («хилиас» по-гречески «тысяча»). Многие из них настаивали на возможности приближения этого царства или даже установления его насильственным путем. Многие хилиасты считали, что с наступлением или приближением его все церковные организации и обряды упразднятся, что даже Священное Писание уже не будет действовать и возможно прямое познание истины, прямое общение с Богом. Около 1260 г. в Италии была основана секта «апостольских братьев». Примкнувший к этой секте Дольчино возвестил о скором втором пришествии Христа и требовал к Его приходу установить на Земле царство справедливости. Он поднял восстание, учредил нечто вроде крестьянской республики в одной из горных долин Северной Италии, ввел там равенство и суровую монашескую дисциплину. Восстание было подавлено в 1307 г., Дольчино и его соратники казнены.