Чтобы воплотить идеал церкви «не от мира сего» во всем христианском мире, надо было реализовать его сначала во внутрицерковной жизни. Между тем духовенство находилось в зависимости от светских властей, причем не только от монархов. Многие светские сеньоры считали церковные приходы, расположенные на их землях, и монастыри, в которые они делали значительные вклады ради спасения души, своей собственностью и назначали священников и аббатов. В ряде случаев они, оставаясь мирянами, сами становились священниками и аббатами, точнее, присваивали себе доходы от прихода или монастыря и нанимали лиц духовного звания для исполнения обрядов. До XI в. низшее духовенство имело право вступать в брак, и многие из его членов больше заботились о своих семьях, нежели о душах прихожан. Церковные должности, в том числе и высшие, продавались и покупались. Даже монастыри были заполнены женатыми людьми. Подобное «обмирщение» церкви вызывало недовольство как рядовых верующих, так и многих светских и духовных владык.
Местом, где зародилось движение за преобразования в церкви, стал монастырь Клюни в Восточной Бургундии. Именно там в середине X в. был введен особо строгий устав с требованиями жесткой дисциплины, беспрекословного подчинения монахов настоятелю, обязательного обучения грамоте, чтения священных книг и физического труда, ограничения в пище и одежде, изгнания всякой роскоши. По монастырю само движение было названо клюнийским.
Многие монахи, привыкшие к привольной жизни, встретили реформу с неудовольствием и враждебностью, случались бунты и даже убийства аббатов, пытавшихся вводить новый клюнийский устав в своих монастырях. Местные сеньоры и епископы также выступали против реформы. Дабы высвободиться из-под их опеки, клюнийцы настаивали на том, чтобы монастыри подчинялись непосредственно папе. Папство видело в клюнийской реформе долгожданную возможность укрепить свою власть. В течение XI в. многие папы предпринимали энергичные действия по внедрению реформы. Было введено обязательное безбрачие духовенства для того, чтобы священники думали о Боге и церкви, а не о земных удовольствиях. Это вызывало резкое неприятие духовенства, но было поддержано рядовыми верующими, желавшими видеть в своих пастырях людей ангельского чина.
Заинтересованные в реформе папы начали поход против так называемой «симонии». Это выражение образовано от имени одного из персонажей Писания, Симона Волхва, который хотел купить апостольское достоинство и апостольскую благодать за деньги и был проклят святым Петром. Отсюда симонией стали называть получение за плату священнического сана или церковной должности и даже назначение духовного лица светскими властями, а, как мы помним, епископов назначали монархи.
Первоначально многие государи, в том числе императоры, поощряли реформаторов, как из личного благочестия, так и видя в реформе средство высвобождения церкви из-под власти местных сеньоров и, тем самым, ослабления их. Но в вопросе о назначении епископов интересы церкви столкнулись с интересами монархов.
Многовековой спор по этому поводу назывался спором об ИНВЕСТИТУРЕ. Инвеститура, т.е. процесс введения епископа в сан, состоял в том, что епископ после рукоположения получал посох в знак господства над паствой, кольцо, как символ обручения с церковью, и скипетр, как орудие светской власти над епархией. Но кто назначал епископов и кто вручал им эти предметы? Обычно и то и другое делал государь. Реформаторы же утверждали, что епископ должен свободно избираться духовенством епархии, а совершать инвеституру, т.е. как бы утверждать результаты выборов, следует папе лично или через посланцев, ибо всякий другой порядок означает симонию и нарушение свободы церкви. Монархи и их сторонники заявляли, что епископы являются вассалами королей, а сюзерен сам имеет право назначать своих вассалов.
Завершением клюнийской реформы в самой церкви стал Латеранский собор 1059 г. На нем было окончательно запрещено получать священникам духовные должности из светских рук и вступать в брак. Но самым главным стал декрет о выборах папы. До того времени папа избирался духовенством и «народом» Рима, а фактически выдвигался на этот пост группировками местной аристократии или императорами. По указанному декрету папу избирали высшие должностные лица церкви — КАРДИНАЛЫ, в число которых входили главные сановники Римской курии и наиболее влиятельные из епископов. Кандидат, набравший 2/3 голосов, считался избранным. Таким образом избрание пап стало внутрицерковным делом, точнее, делом высшего церковного руководства, и светская власть была полностью устранена от выборов.
Клюнийская реформа оказала большое влияние на всю последующую историю Западной Европы в Средние века, но кроме того дала толчок к еще одному событию,