VI век, эпоха полного мрака для Запада, увидел значительное усиление греческого могущества. Юстиниан I (527–565) был правителем с большим честолюбием и энергией; женат он был на императрице Феодоре, женщине равного с ним ума, в молодости бывшей актрисой. Юстиниан отвоевал Северную Африку у вандалов и большую часть Италии у готов. Он даже вернул юг Испании. Деятельность его не ограничилась морскими и военными предприятиями. Он основал университет, построил знаменитый собор Св. Софии в Константинополе и кодифицировал римское право. Но, желая уничтожить соперников основанного им университета, он закрыл философские школы в Афинах, которые существовали без перерыва со времен Платона, т. е. в течение почти тысячи лет. Начиная с III века, с Византийской империей упорно соперничала Персидская монархия. Обе империи держали Малую Азию, Сирию и Египет в состоянии вечной тревоги и угрозы разорения. В I столетии после Р. X. эти страны еще стояли на высокой ступени цивилизации, были богаты и густо населены, но постоянное прохождение войск, погромы, опустошения, военные налоги упорно истощали их, пока от городов не остались одни лишь обломки и развалины, а в деревнях не разбрелось все крестьянское население.
Нижнему Египту во время этого печального процесса обеднения и смуты выпала, быть может, менее тяжелая доля, чем остальному миру. Александрия, подобно Константинополю, продолжала вести постепенно замиравшую торговлю между востоком и западом.
В обеих воюющих и распадающихся империях наука и политическая философия, казалось, окончательно погибли.
Последние афинские философы, до закрытия их школ, сохраняли подлинники великой литературы прошлого с бесконечным благоговением, но совершенно не понимали их значения. Но теперь в мире исчез класс свободных, независимых людей, обладавших смелым и самостоятельным мышлением, который мог бы продолжать традиции бесстрашного суждения и изучения, воплощением которых являлись эти труды.
Исчезновение этого класса объясняется в значительной степени социальным и политическим хаосом, но была и другая причина бесплодия и лихорадочного состояния человеческой мысли в этот период. И Персия, и Византия переживали эпоху нетерпимости. Обе империи были империями религиозными в новом смысле этого слова, и это сильно задерживало свободную деятельность человеческого разума.
Конечно, древнейшие империи мира тоже были религиозными империями, объединенными поклонением общему богу или монарху-божеству. Обожествлялся Александр, и Цезари были богами, в том смысле, что им посвящали алтари и храмы, воскурение фимиама перед которыми считалось доказательством лояльности Римскому государству. Но эти древнейшие религии были исключительно религиями действия и факта. Разума они не порабощали. Если человек приносил жертвы и поклонялся известному богу, ему предоставляли возможность не только думать, но, в сущности, и говорить все, что ему нравилось, относительно этого вопроса. А новые, носившие иной характер религии, появившиеся теперь в мире, в особенности христианство, обратились к душе человека. Эти новые культы требовали не только исполнения обрядов, но и сознательной веры. Понятно, что возникали ожесточенные споры по поводу точного смысла догматов веры. Эти новые религии были основаны на вере. Миру пришлось считаться с новым понятием, правоверностью, и с твердой решимостью правоверных удерживать не только поступки, но слова и личные убеждения в границах определенного учения. Ибо теперь придерживаться ложного мнения, а тем более передавать его другим, считалось уже не только недомыслием, но моральным грехом, который может привести душу к вечной гибели.
И Ардашир I, основатель династии Сасанидов, в III столетии после Р. X., и Константин Великий, перестроивший Римскую империю в IV веке, оба обратились за помощью к религиозным организациям, потому что они в этих организациях видели новое средство для использования и контролирования человеческой воли. И уже в конце IV столетия обе империи преследовали свободу слова и религиозные новшества. Ардашир нашел в Персии древнюю персидскую религию Зороастра (или Заратустры), с ее жрецами, храмами и священным огнем, горевшим на алтарях, уже совершенно приспособленную для его цели — создания государственной религии. К концу III столетия религия Зороастра преследовала христианство, а в 277 г. Мани, основатель новой религии, манихейства, был распят на кресте, а тело его предано поруганию. Константинополь, со своей стороны, деятельно охотился за христианскими ересями. Манихейские идеи заражали христианство, и с ними приходилось бороться самыми жестокими мерами; в свою очередь, христианские идеи нарушали чистоту учения Зороастра. Все идеи находились под подозрением.
Наука, требующая, прежде всего, свободной деятельности свободного ума, в этот период нетерпимости переживала полный упадок.