Выпустив эту смертоносную стрелу, Фридрих решил выполнить обещание, данное им двенадцать лет тому назад, и отправиться в Крестовый поход. Это был шестой Крестовый поход (1228). Как поход, он носил характер фарса. Фридрих II отправился в Египет, где встретился с султаном и обсуждал с ним разные дела. Эти два господина, оба большие скептики, вполне сошлись во взглядах и заключили торговый договор к обоюдной выгоде, причем султан согласился передать Фридриху Иерусалим. Это был, действительно, Крестовый поход совершенно нового типа, Крестовый поход по частному договору. Теперь победители уже не были залиты кровью неверных, они не «плакали от избытка радости». Так как этот изумительный крестоносец был отлучен от церкви, то ему пришлось удовлетвориться чисто светским обрядом коронования, когда он вступил на Иерусалимский престол; ему пришлось собственными руками взять корону с алтаря, так как все представители духовенства обязаны были его сторониться. После этого он вернулся в Италию, прогнал папские войска, занявшие его владения, обратно на их территорию и принудил папу снять с него отлучение.
Вот как поступали в XIII веке императоры с папами! И при этом не поднялась буря народного возмущения, чтобы отомстить за папу; настали другие времена.
В 1239 г. Григорий IX возобновил свою борьбу с Фридрихом, вторично отлучив его от церкви. Снова начались публичные обличения, от которых папство уже однажды так серьезно пострадало. Борьба возобновилась после смерти Григория IX, при папе Иннокентии IV. Фридрих снова написал против церкви уничтожающее послание, которое не могло не остаться в памяти людей. Он обвинял духовенство в гордости и неверии, приписывал всю развращенность эпохи его заносчивости и богатству. Он предложил всем монархам произвести всеобщую конфискацию церковного имущества ради блага самой же церкви. Эту идею монархи Европы навсегда сохранили в уме.
Мы не будем здесь говорить о последних годах его жизни. Отдельные случаи из нее гораздо менее показательны, чем общий ее дух. Возможно, удастся составить себе некоторое понятие о жизни при его дворе в Сицилии. Он жил роскошно, любил красивые вещи. Утверждают, что он был развратен. Но вместе с тем он, несомненно, обладал большой любознательностью и пытливым, деятельным умом. Он привлек к своему двору еврейских и мусульманских философов наряду с христианскими, очень много сделав для того, чтобы сарацинское влияние проникло в мышление итальянцев. Благодаря ему, христианских студентов ознакомили с арабскими цифрами и алгеброй. При его дворе, среди других философов, находился Михаил Скотт, который перевел часть сочинений Аристотеля и комментарии к ним знаменитого арабского философа Аверроеса из Кордовы.
В 1224 г. Фридрих основал в Неаполе университет. Кроме того, он расширил и обогатил знаменитую медицинскую школу при Салернском университете. Он также создал зоологический сад. Он оставил книгу о соколиной охоте, в содержании которой отразилась острая наблюдательность по отношению к жизни птиц, он был одним из первых итальянцев, писавших итальянские стихи. Итальянская поэзия действительно зародилась при его дворе. Талантливый писатель назвал его «первым человеком нового времени», и это название отлично характеризует его беспристрастное свободомыслие.
Еще более резкие признаки упадка жизненности и силы сопротивления папства проявились, когда папы, некоторое время спустя, вступили в борьбу с французскими королями, могущество которых постепенно возрастало. При жизни императора Фридриха II Германия стала распадаться, и французский король начал играть роль охранителя, защитника и соперника папы, которая до тех пор принадлежала императорам из династии Гогенштауфенов.
Целый ряд пап следовали политике поддержки французских монархов. На троны Сицилии и Неаполя, при поддержке и одобрении Рима, были возведены французы. Перед французскими королями открывалась даже возможность восстановить и подчинить себе империю Карла Великого. Однако, когда в Германии окончилось междуцарствие, последовавшее за смертью Фридриха II, последнего из Гогенштауфенов, и Рудольф Габсбургский был избран императором (1273), Рим начал колебаться между Францией и Германией, меняя свою политику соответственно симпатиям каждого нового папы. На Востоке греки в 1261 г. снова отобрали Константинополь у латинских императоров, и основатель новой греческой династии, Михаил VIII Палеолог, после нескольких неискренних попыток примирения с папой, окончательно порвал все сношения с Римом, вследствие чего, а также благодаря падению латинских королевств в Азии, власти папы на Востоке пришел конец.