Дальнейшее продвижение русской армии и украинских казацких полков было сопряжено с большими трудностями. Крымские татары подожгли степь. Изнемогая от зноя и жажды, задыхаясь в клубах дыма стенного пожара, не имея подножного корма для лошадей, войска подошли к р. Карачакрак. Понимая, что дальше двигаться по неизведанной степи опасно и нецелесообразно, русское командование приняло решение прекратить поход. Оставив в низовьях Днепра 30 тыс. русских солдат и украинских казаков, армия отошла на Полтавщину.
На обратном пути русской армии и казацких полков на берегу р. Коломак произошла замена гетмана Левобережной Украины. Генеральная старшина, недовольная самовластием и своекорыстием И. Самойловича, обратилась к царскому правительству с просьбой отстранить его от гетманства. Эту просьбу поддержал главнокомандующий русской армией В. В. Голицын. С согласия царского правительства И. Самойловича арестовали и отправили в Сибирь.
Узкий круг старшинской верхушки на раде в Коломаке 25 июля 1687 г. избрал гетманом генерального есаула И. Мазепу, кандидатуру которого поддержал и В. В. Голицын, заранее получивший крупную взятку.
И. Мазепа — предатель украинского народа и сторонник шляхетской Польши, выходец из правобережной украинской шляхты. В юношеские годы он воспитывался при дворе польского короля Яна II Казимира. В 1663–1664 гг. Мазепа принимал активное участие в подготовке вторжения шляхетских войск на Левобережную Украину, затем некоторое время находился в войске правобережного гетмана П. Дорошенко, пользуясь его доверием и выполняя тайные поручения. В 1674 г. он оказался на Левобережной Украине, где добился должности генерального есаула и приобрел значительные имения. Мазепа был представителем самой реакционной части казацкой старшины, стремившейся укрепить свою власть на Украине и разорвать связи с Россией.
Рада приняла Коломакские статьи, усиливавшие царскую власть на Левобережной Украине. Гетман лишился права отстранять от должностей генеральную старшину без согласия царского правительства, а старшина — переизбирать гетмана. Одновременно укреплялось привилегированное положение старшины, подтверждалась незыблемость их владения имениями и предусматривалось пожалование дворянства «заслуженной» старшине. Включались статьи о непременном возвращении русским помещикам беглых крестьян, широких полномочиях полковников в борьбе против антифеодальных выступлений, о праве гетмана содержать полк стрельцов для личной охраны. В целом Коломакские статьи отвечали классовым интересам казацкой старшины и русских феодалов.
Русское государство готовилось к предстоящему второму походу на Крым. Основное внимание правительство уделяло строительству вблизи устья р. Самары опорного пункта для оборонительных и наступательных действий. Прибыв в указанное место, русские солдаты и украинские казаки заложили там Новобогородицкую крепость, имевшую важное стратегическое значение. Осенью 1688 г. казацкие полки осуществили успешный поход к Очакову, нанеся турецкому гарнизону и отрядам крымских татар значительный урон.
В течение 1688 г. активизировалась дипломатическая деятельность стран — членов «Священной лиги». Правительство Речи Посполитой, не предпринимая действенных мер по подготовке к войне против Крымского ханства, всячески подстрекало к выступлению Русское государство. Царское правительство, со своей стороны, усиленно вело переговоры с польским королем Яном III Собесским и австрийским императором Леопольдом I о совместных действиях против Турции.