Однако по иронии судьбы Генрих более всего запомнился не благодаря этим своим успехам, но из-за его сомнительной роли в убийстве Томаса Бекета. В июне 1162 г. Бекет был посвящен в сан архиепископа Кентерберийского. По мнению достойных уважения людей Церкви, Бекет, который был канцлером с 1155 г., не заслуживал самого высокого церковного поста в стране. Он же вознамерился доказать изумленному миру, что является самым лучшим из всех возможных архиепископов. С самого начала Бекет шел своим путем, противостоя королю, который продвигал его главным образом из дружбы. Естественно, что вскоре Генрих начал вести себя как человек, которого предали. В середине XII в. отношения Церкви и государства «ощетинились» проблемами, которые ранее так или иначе решались людьми, настроенными благожелательно, но которые теперь могли вызвать яростное противоборство среди людей, настроенных на ссору. Генрих избрал вопрос о «преступных священнослужителях», чтобы свести счеты со своим архиепископом. Как и многим мирянам, Генриху не нравилось, что лица духовного звания, которые совершили уголовные преступления, могли избежать смертного приговора, добиваясь, чтобы их дело рассматривалось в церковном суде. На совете, проведенном в Вестминстере в октябре 1163 г., Генрих потребовал, чтобы лица духовного звания, совершившие уголовные преступления, быть лишены Церковью сана и переданы для наказания светским судам. В противовес этому Бекет призвал на помощь епископов, но, когда папа Александр III попросил Бекета занять более примирительную позицию, Генрих созвал собор духовных и светских сановников в Кларендоне (январь 1164 г.). Он сделал епископам ясное заявление об издавна сложившихся правах, ставящих королевскую власть над Церковью (Кларендонские постановления), и потребовал от епископов обещания добросовестно соблюдать эти обычаи. Застигнутый врасплох, Бекет спорил два дня, а затем уступил. Но остальные епископы последовали его примеру не ранее, чем Бекет раскаялся в своей слабости. Генрих, выведенный из себя, решил теперь уничтожить Бекета. Он призвал его предстать перед королевским судом и ответить на сфабрикованные обвинения в государственной измене. Архиепископ был признан виновным и приговорен к конфискации своих владений. Попав в безвыходное положение, Бекет бежал через Ла-Манш, взывая к папе. Настаивая вначале на принципе, а затем колеблясь, Бекет внес разлад в английскую церковь.
Следующие пять лет, когда Бекет находился в изгнании, Генрих II сосредоточился на делах более важных: была завоевана Бретань и приведена в порядок английская юридическая система. В 1169 г. вопрос о коронации наследника престола, принца Генриха, объявленной делом безотлагательным, привел к нескончаемым переговорам между королем, папой и архиепископом. В 1170 г. Бекет возвратился в Англию, решив наказать тех, кто в обход него принял участие в коронации юного короля. Враги Бекета не теряли времени даром, рассказывая Генриху о вызывающем поведении архиепископа. «Неужели никто не избавит меня от этого неукротимого попа?» – эти слова Генриха, сказанные сгоряча, были слишком буквально поняты четырьмя его рыцарями. Желая снискать расположение короля, они отправились в Кентербери, и здесь 29 декабря 1170 г. Бекет был убит в своем собственном соборе. Это деяние шокировало христианский мир и обеспечило канонизацию Бекета в рекордно короткое время. В народной памяти архиепископ стал символизировать сопротивление деспотическому авторитету государства, но в действительности всем стало легче, когда он был устранен. После того как буря протеста утихла, стало очевидно, что власть короля над его обширной империей никоим образом не была поколеблена полемикой с Бекетом. В начале 70-х годов XII столетия Генрих II находился на вершине власти.