Крестоносцы должны были собраться в Венеции, которая за определенную сумму предложила перевезти их на своих судах. Ближайшей целью похода был Египет, под властью которого находилась в то время Палестина; было намерение сначала завоевать Египет, чтобы потом уже с большей легкостью добиться у мусульман возвращения Палестины. Однако, Венеция не хотела приступить к перевозке крестоносцев до уплаты полностью условленной за корабли суммы. Так как у крестоносцев требуемой суммы не оказалось, то Дандоло предложил им в счет невыплаченных денег помочь ему завоевать город Зару (Задр), лежащий на далматинском побережье Адриатического моря, ввиду того, что он незадолго перед тем отпал от Венеции и был передан венгерскому королю, принявшему также, как было сказано выше, крест. Крестоносцы согласились на просьбу дожа и поплыли к Заре, городу, который должен был участвовать в Крестовом походе. Таким образом, поход, предпринятый против «неверных», начинался осадой крестоносцами города, где жили такие же крестоносцы. Несмотря на негодование папы и на угрозы его отлучить крестоносное ополчение от церкви, крестоносцы приступом взяли Зару для Венеции и разгромили ее. Выставленные жителями города на стенах распятия не остановили нападающих. Один историк восклицает: «Прекрасное начало для Крестового похода!» Дело под Зарой, нанесшее чувствительный удар престижу крестоносцев, дало Дандоло право торжествовать свою первую в этом походе победу. Услышав о взятии Зары и выслушав жалобы венгерского короля на союзников, т.е. на крестоносцев и венецианцев, папа предал их отлучению. «Вместо того, чтобы достичь обетованной земли, – писал папа крестоносцам, – вы жаждали крови ваших братьев. Сатана, всемирный соблазнитель, вас обманул… Жители Зары повесили распятия на стенах. Не взирая на Распятого, вы произвели штурм и принудили город сдаться… Под страхом анафемы остановитесь в этом деле разрушения и возвратите послам венгерского короля все то, что было у них отнято. В противном случае знайте, что вы подпадаете отлучению и лишаетесь действительно преимуществ, обещанных всем крестоносцам».
На венецианцев угрозы папы и отлучение не произвели впечатления. Крестоносцы же – «франки», употребляли все средства, чтобы добиться снятия отлучения. Наконец, папа, смилостивившись, даровал им отпущение, оставив под отлучением венецианцев. Однако, он определенно не запретил прощенным крестоносцам сноситься с отлученными венецианцами. Их общие действия продолжались.
Во время осады и сдачи Зары в истории четвертого похода выступает новое лицо – византийский царевич Алексей Ангел, сын низвергнутого и ослепленного Алексеем III брата последнего, Исаака. Царевич Алексей, спасшись из темницы, бежал на Запад с целью добиться помощи для возвращения трона своему несчастному отцу. После безрезультатного свидания в Риме с папой, царевич направился на север, в Германию, к своему зятю, германскому государю Филиппу Швабскому, женатому, как известно, на Ирине, сестре Алексея и дочери Исаака. Ирина, по словам византийского историка той эпохи Никиты Акомината, просила мужа помочь брату, который «без крова и отечества странствует подобно звездам блуждающим и ничего не имеет с собой, кроме собственного тела». Какой-либо ощутительной материальной поддержки Филипп, будучи в данный момент занят борьбой внутри государства с Оттоном Брауншвейгским, оказать царевичу не мог; но он отправил посольство в Зару с просьбой к Венеции и крестоносцам помочь Исааку и его сыну Алексею в восстановлении их на византийском престоле. Царевич обещал за такую помощь подчинить Византию в религиозном отношении Риму, заплатить крестоносцам крупную сумму денег и, после восстановления его отца на престоле, принять лично участие в Крестовом походе.
Таким образом, поднимался вопрос о возможности полного изменения в направлении похода и его характера. Дож Дандоло сразу оценил все выгоды для коммерческой Венеции в предложении Филиппа. Главная роль в походе на Константинополь и в восстановлении низложенного Исаака на византийском престоле открывала дожу обширные горизонты. Но крестоносцы не сразу согласились на предлагаемое изменение и требовали, чтобы поход не уклонялся от своей первоначальной цели. Однако, в конце концов обе стороны пришли к соглашению.
Большая часть крестоносцев решилась принять участие в походе на Константинополь с тем, чтобы после короткого там пребывания направиться, как раньше было определено, в Египет. Итак, в Заре был заключен между Венецией и крестоносцами договор о завоевании Константинополя. Сам царевич Алексей в это время явился в лагерь под Зарой. В мае 1203 года флот с Дандоло, Бонифацием Монферратским и царевичем Алексеем отплыл от Зары и через месяц появился уже перед Константинополем.