Мануил восстановил и укрепил известное количество населенных пунктов, находившихся в состоянии упадка. Он, например, укрепил весьма важный, занимающий выгодное стратегическое положение город Атталия (Саталия) на южном берегу Малой Азии. По его приказу были проведены также фортификационные работы и возведен мост в Абидосе, при входе в Геллеспонт, где находилась одна из самых важных византийских таможен и где, начиная со времени Комнинов, венецианцы и их соперники – генуэзцы и пизанцы – имели свои представительства.
Вопрос о провинциальном (фемном) управлении при Комнинах не разработан. Известно, что в XI веке число фем доходило до 38. В связи с некоторым изменением территории империи в XI и XII веках, в смысле ее уменьшения, границы провинций и их число не могли остаться прежними. Материал для суждения по данному вопросу может быть почерпнут из новеллы Алексея III Ангела от ноября 1198 г., где говорится о торговых привилегиях, дарованных императором Венеции и где перечисляются «поименно все области, находящиеся под властью Романии, в которых (венецианцы) должны торговать». Список, имеющийся в этой новелле и являющийся еще недостаточно изученным источником, дает приблизительное представление об изменениях, которые произошли в провинциальном устройстве империи в XII веке.
Большая часть прежних фем управлялась военными должностными лицами, или стратигами. Позднее, особенно после битвы при Манцикерте в 1071 г., и затем в течение XII века, по мере возрастания турецкой опасности в Малой Азии и отделения Болгарии в 1186 г., территория империи значительно уменьшилась. Ввиду уменьшения территории, весьма важный и почетный титул стратига, присваиваемый главному должностному лицу фемы, к концу XI века вышел из употребления. При Комнинах титул «стратиг» исчез полностью, так как стал соответствовать гораздо меньшему, чем раньше, размеру провинций. Постепенно он был заменен «дуксом» – титулом, который носили в IX веке и ранее наместники некоторых небольших провинций.
В торговой ситуации империи при Комнинах и Ангелах произошло весьма важное изменение: в результате Крестовых походов Запад и Восток начали устанавливать прямые торговые связи между собой и Византия потеряла роль коммерческого агента между ними. Это был тяжелый удар по экономическому могуществу империи. С другой стороны, и в столице, и в некоторых других городах Венеция уже обеспечила себе с начала царствования Алексея Комнина господствующее положение. При том же императоре пизанцы получили весьма важные торговые привилегии в Константинополе. Они получили место для причала (scala) и специальный квартал с лавками и частными домами. Специальные места были зарезервированы для пизанцев во время богослужений в Св. Софии и на ипподроме на время общественных спектаклей. К концу правления Иоанна Комнина генуэзцы начали первые переговоры с Византией и совершенно очевидно, что основным пунктом этих переговоров были торговые дела. Политика Мануила была тесно связана с торговыми интересами Венеции, Пизы и Генуи, которые, уменьшая экономическое могущество империи, находились в постоянной торговой конкуренции между собой. В 1169 году Генуя получила исключительно выгодные торговые привилегии по всей империи, за исключением двух мест на северных берегах Черного и Азовского морей.
После страшного истребления латинян в 1182 г. их положение при Ангелах стало снова более благоприятным и, наконец, в 1198 г. Алексей III с неохотой гарантировал Венеции «хрисовул», повторяющий и подтверждающий предыдущую буллу Исаака Ангела относительно оборонительного союза с Венецией. Документ обновлял торговые привилегии и добавлял некоторое количество новых позиций. Границы венецианского квартала остались без изменений. Согласно одному исследователю, некоторые положения этого договора оказали очень большое влияние на институт консульской юрисдикции в Османской империи.
Не только в столице, но также и во многих провинциальных городах и островах империи, венецианцы, пизанцы и генуэзцы полностью использовали преимущества своих традиционных привилегий и имели свои собственные кварталы. Фессалоника (Салоника) была после Константинополя самым важным экономическим центром империи. Там, как свидетельствует источник XII века, каждый год в конце октября, по случаю праздника св. Димитрия, покровителя города, организовывалась знаменитая ярмарка. В те дни греки и славяне, итальянцы, испанцы (иберийцы) и португальцы (лузитане), «кельты из-за гор» (французы) и люди, которые приезжали с дальних берегов Атлантики, собирались в Фессалонике и вели свои торговые дела. Фивы, Коринф и Патры в Греции были знамениты своими шелками. Адрианополь и Филиппополь на Балканском полуострове также были важными торговыми центрами. В коммерческой деятельности этого времени принимали участие также острова Эгейского моря.