Главное турецкое войско под командованием самого султана Баязида-Молнии осаждало столицу Византии. Но, узнав о приближении крестоносцев, турки сняли осаду Константинополя и ускоренными маршами двинулись навстречу войску венгерского короля через Адрианополь, Шипку и Тырнов. 24 сентября 1396 г. турецкая армия встала лагерем под Никополем, на холмистой местности, в 6 км от стана крестоносцев. Силы сторон были примерно равны (около 10 000 крестоносцев и около 12 000 турок). Османы заняли позицию на высоте южнее Никополя. На самой высоте, во рвах, за палисадом, расположилась отборная турецкая пехота – янычары («новые войска») – пешие лучники. Кроме лука со стрелами, эти превосходные стрелки были вооружены копьями, саблями и ятаганами. Впереди были рассыпаны турецкие конные лучники, а за высотой укрыта тяжелая турецкая кавалерия («сипахи» или «спаги») под командованием самого султана Баязида. Османский боевой порядок был рассредоточен в глубину. Его опорой являлась окопавшаяся янычарская пехота.
На созванном королем Сигизмундом военном совете предводители разных частей крестоносного войска долго спорили о том, кому начинать битву. Французы особенно настаивали на первенстве, желая присвоить себе одним славу победы. Один из их военачальников, сьер де Куси, вошел в историю своим знаменитым, преисполненным гордыни заявлением: «Даже если небо вздумает упасть на нас, одних только французских копий хватит для того, чтобы его удержать!» Крестоносцы разошлись, так ни о чем и не договорившись.
Наутро французский контингент выступил из лагеря на турок, не дожидаясь подхода союзников. Французские рыцари «с фурией» атаковали турецких конных лучников. Последние обратились в притворное бегство. Увлекшись их преследованием, французы попали под град стрел окопавшихся на своей хорошо укрепленной позиции пеших янычар. Одновременно «сипахи» вышли из-за правого фланга турецкой пехоты, охватили левый фланг французских рыцарей, окружили и уничтожили их. Туркам удалось уничтожить крестоносцев по частям. Главные силы армии крестоносцев во главе с самим королем Сигизмундом появились на поле боя уже после разгрома французов. Турки повторили свой маневр и разбили остальное крестоносное войско. Сам король Сигизмунд только чудом избегнул турецкого плена.
После победы в битве под Никополем султан Баязид приказал перебить 10 000 плененных турками крестоносцев. Почти все пленники были обезглавлены, а остальные забиты до смерти ударами железных палиц. Истребление продолжалось почти весь день 25 сентября, пока даже привычные к убийствам и крови военачальники падишаха, не вынеся вида чудовищной бойни, не умолили беспощадного победителя остановить дальнейшее кровопролитие. Баязид помиловал лишь немногих пленных христианских юношей, отдав их в рабство своим приближенным.
В составе крестоносной армии в битве под Никополем участвовали и рыцари Родоса во главе с Филибером де Найяком (или Найлаком), которому едва удалось спастись бегством с горстью рыцарей. Вскоре после своего чудесного спасения от турецких сабель Филибер де Найяк был избран Великим Магистром рыцарей Родоса.
В мае 1402 г. над Османской Турцией внезапно разразилась гроза. Железный Хромец – среднеазиатский завоеватель монгольского происхождения Тамерлан (Тимур-Ленг, именовавшийся русскими летописцами «Темир-Аксак-Ханом»), разгромил турецкую армию в сражении при Анкаре (в этом бою им был пленен сам султан Баязид I). После нескольких кровавых сражений и двухнедельной осады Тимур взял штурмом Смирну, превращенную рыцарями Родоса в мощную крепость. После ухода Тамерлана рыцари Родоса построили поблизости от развалин античного города Галикарнаса крепость, названную ими в честь св. апостола Петра Петронио или Петруми (Бодрум). Посредством иоаннитской крепости на о. Кос и расположенной напротив нее на малоазиатском побережье крепости Бодрум рыцари Родоса могли контролировать пролив между о. Кос и материком.
Через год после потери Смирны, в 1403 г., рыцари Родоса подписали с мамелюкским Египтом союзный договор, направленный против Тамерлана. Одним из пунктов договора было дозволение, данное египтянами на восстановление иоаннитами госпиталя в Иерусалиме. Орден пребывал в мире с Египтом в течение 20 лет. Но в 1424 и 1425 гг. флот египетского султана дважды напал на Кипр (остров был захвачен в 1426 г.). А в 1440 г. мамелюкский флот султана Египта Якмака аз-Захира появился у самого Родоса.