Впрочем, нет никаких оснований сомневаться в том, что историкам будущего удастся пролить больше света на истоки ордена Св. Иоанна (как бы им при этом не мешали!). Пока же исследователям удалось установить, что примерно в середине XI в. в Иерусалиме уже существовали христианские благотворительные организации. Купцы из итальянского г. Амальфи (находившегося под властью православной Византии) получили от багдадского халифа (духовного главы всех мусульман-суннитов) дозволение учредить неподалеку от церкви Св. Марии (именуемой Латинской из-за большого числа посещавших ее «латинских», т. е. западноевропейских, паломников) госпиталь (странноприимный дом) для размещения и лечения христианских паломников, прибывавших в Святую землю. Руководство странноприимным домом осуществляли монахи духовного ордена бенедиктинцев. Судя по всему, этот «франкский» госпиталь до конца XI, если не до начала XII в., то есть до 1-го Крестового похода и до освобождения Иерусалима «латинянами», несмотря на сходное название, не имел никакого отношения к собственно госпитальерам (fratres Hospitalis, freres hospitaliers), как первоначально именовались члены братства иоаннитов (их второе название, иоанниты, было дано им по имени их небесного заступника — Св. Иоанна Крестителя, Предтечи Господня).
Не ранее начала XII в. (хотя орденская легенда иоаннитов и говорит о помощи, оказанной им участникам 1-го Крестового похода при осаде Святого Града!) в Иерусалиме появилась загадочная фигура Пьера Герарда (Жерара), именуемого также Герард Тенк (Жерар Тенке, Жерар Тонк, Тома Токе Жерар и т. п.). Образ Герарда (первого главы Иерусалимского братства госпитальеров, именовавшегося при жизни не Магистром, как его преемники, а ректором) окутан бесчисленными легендами. У нас не имеется точных сведений о его происхождении, воспитании и даже родине (одни называют в качестве таковой итальянские города Амальфи и Скала, другие южнофранцузскую область Прованс). Однако все известные о нем на сегодняшний день факты указывают именно на него как на основателя ордена иоаннитов. Странноприимный дом, основанный в Иерусалиме амальфийцами, был всего лишь своеобразным подготовительным учреждением, если можно так выразиться. При жизни Герарда его госпитальеры (hospitalarii) скорее всего всецело посвящали себя уходу за больными и не имели никаких военных или рыцарских амбиций.
В 1120/21 г. Герард скончался. Его преемником стал Раймунд дю Пюи, первым из руководителей госпитальеров принявший титул Магистра (magister), а впоследствии — Великого Магистра (magnus magister или magister generalis). Со временем орден был преобразован в военную организацию по образцу западноевропейской феодальной системы, не отказываясь в то же время от своей изначальной, чисто благотворительной задачи. Благодаря щедрым пожертвованиям и земельным пожалованиям, орден приобрел обширные владения и даже целые провинции как на Западе, так и на Востоке. Совместно с орденом тамплиеров рыцари Св. Иоанна стали важнейшими протагонистами идеи священной войны во имя веры. Они силой оружия боролись с враждебной христианству мусульманской верой на восточных землях, в свое время — также силой оружия! — отнятых магометанами у христиан. Этим объясняется готовность, с которой феодальная Европа оказывала рыцарям-монахам финансовую и военную поддержку. Рыцари Белого Креста (иоанниты), рыцари Красного Креста (тамплиеры-храмовники), рыцари Зеленого Креста (лазариты), рыцари Черного Креста (тевтоны), рыцари Адамовой головы (ордена Благой Смерти) и другие были мечом в руках христианского Запада, при помощи которого тот отвоевывал у мусульман на Востоке древние христианские владения, попавшие под власть ислама, позднее удерживал свои восточные владения, а еще позднее — защищал Европу от завоевания ее исламскими ордами. Орден Св. Иоанна владел многочисленными военными опорными пунктами (сегодня мы сказали бы — военными базами) в Сирии и Палестине, в Акре, Иерусалиме, Кесарии, Капернауме, Иерихоне, Аскалоне, Маргате и Краке.
Несмотря на прилагаемые ими поистине титанические усилия, западным христианам удалось продержаться в Леванте не более двух столетий. Столкнувшись с новым подъемом исламского фанатизма среди арабов и тюрок, крестоносцы постепенно утратили все находившиеся в их руках городские центры и военные крепости. Рыцари-монахи участвовали в их обороне, отступая последними, как того требовала их миссия. За окончательным падением Иерусалима и Аскалона в 1247 г. последовала сдача знаменитой крепости Крак де Шевалье в 1271 г. и потеря крепости Маргат в 1281 г. Последним оплотом «франкского» владычества в Палестине осталась Акра (Аккарон, Аккон или Птолемаида), попавшая в руки мусульман в 1291 г., после ожесточенного сопротивления. При штурме Акры были перебиты все тевтонские рыцари и рыцари Св. Лазаря и погиб Великий Магистр тамплиеров. Горстке уцелевших иоаннитов во главе со своим тяжко израненным Великим Магистром Жаном де Вилье удалось бежать на остров Кипр и обосноваться там близ Лимассола.