В то время как в Восточной Пруссии укрепился протестантизм и интенсивно развивалась литовская письменность, в самой Литве книги на литовском языке не выходили. Во второй половине XVI в. в Великом княжестве Литовском после непродолжительного подъема реформационного движения, которое поддерживали главным образом представители шляхетской интеллигенции, но которое не успело захватить массы народа, в стране постепенно стала побеждать Контрреформация. Как и везде, в Литве Контрреформация имела реакционный, антинародный характер и с ее победой постепенно усиливался натиск космополитических тенденций в религиозной и культурной жизни. После Люблинской унии в Литву для укрепления католичества были приглашены иезуиты, которые широко развернули свою деятельность. Первая из таких коллегий была создана в Вильнюсе в 1570 г., а в 1579 г. она была преобразована в высшую школу — академию, ректором которой стал известный иезуитский деятель и проповедник Петр Скарга.
Против Скарги, помимо белорусских и украинских православных полемистов, активно выступал пропагандист кальвинизма в Литве Андрей Воланус (ок. 1530—1610), которого в Белоруссии принято называть Волан (см. гл. «Белорусская литература»). В Вильнюсе он опубликовал по-латыни более десятка полемических работ, направленных против католичества и усиливавшегося феодального произвола. Кроме А. Волануса, в Литве активно боролись с католическим догматизмом и многие видные православные полемисты и антитринитарии (С. Будный, К. Бекеш, братья С. и Л. Зизании др.). Лаврентий Зизаний издал в Вильнюсе «Грамматику словенску» (1596) и некоторые другие книги, предназначенные для православных, так называемых братских школ. В Вильнюсе и в некоторых других местах Литвы уже действовали школы и для литовских детей. При иезуитской академии была организована типография, в которой печатались книги на латинском, польском и литовском языках. Еще до этого в Вильнюсе, с 1574 г., действовала типография братьев Мамоничей, печатавшая книги на русском, белорусском и польском языках.
В последние годы XVI в. вильнюсские кальвинисты также создали типографию для печатания книг на литовском языке. Таким образом, Вильнюс стал крупным центром книгопечатания на разных языках народов Восточной Европы и на латыни. Это способствовало развитию письменности и на литовском языке.
Видным литературным деятелем того времени был Микалоюс Даукша (ок. 1527—1613). Это был образованный католический священник, занимавший пост каноника на Жмуди, которому были не чужды и гуманистические идеи (в его личной библиотеке имелись труды Эразма, Меланхтона и др.). Даукша стал автором первых изданных в самой Литве книг на литовском языке. В 1595 г. в Вильнюсе он издал католический «Катехизис». В предисловии Даукша писал, что книга предназначается для школьников, дабы они, «подобно молодым побегам, орошаемым дождем, лучше принялись и росли». Некоторые наставления «Катехизиса» свидетельствуют, что и в конце XVI в. в литовском народе еще бытовали языческие верования.
Даукша перевел и издал в Вильнюсе в 1599 г. «Постиллу» известного польского проповедника Я. Вуека, ректора иезуитской коллегии. Литовский перевод этого сборника отличается богатством и образностью языка. Даукша по праву считается первым литовским стилистом. Самым ценным в издании было предисловие, в котором страстно и убедительно защищаются права литовского языка в общественной и культурной жизни страны. Эта защита была вызвана реальной необходимостью. Большинство католических ксендзов в Литве плохо или совсем не владели литовским языком, а проповедовали на недоступных для народа польском или латинском языках Даукша в предисловии, ссылаясь на примеры из истории, предупреждает, что народы, забывшие родной язык, бесследно исчезают: «Не плодородием земли, не отличием одежды, не красотой природы, не крепостью городов и замков держатся народы, а сохранением и употреблением своего языка». Для защиты родного языка Даукша прибегает к образным примерам из человеческой деятельности и из жизни природы. Его стиль отличается ритмичностью и образностью. Предисловие Даукши, в котором отразились гуманистические и патриотические идеи эпохи, сыграло впоследствии большую роль в становлении национального самосознания литовского народа. Мысли Даукши использовали деятели литовского национально-освободительного движения в XIX в., они сохранили свою патриотическую действенность и в годы Великой Отечественной войны.
Книги Даукши вызвали появление других изданий на литовском языке, подготовленных деятелями Реформации. Так, в 1598 г. в Вильнюсе появился новый польско-литовский «Катехизис», изданный активным кальвинистом Меркелисом Пяткявичюсом (ум. ок. 1608). В начале книги, которая содержит также духовные песни и молитвы, помещены стихотворные посвящения, в одном из которых говорится о необходимости обучения детей в школе, чтобы они были «полезны своей родине, приносили радость родителям, уважали своих учителей».