Исторические источники сообщают, что Алишер Навои был щедрым покровителем наук и искусств. При его поддержке творили такие выдающиеся историки, как Мирхонд, Хондамир, Васифи, Давлятшах Самарканди, художник Бехзад, архитектор Каваш-эдин, многие поэты, музыканты, каллиграфы. Но и сам Алишер был не только поэтом и государственным деятелем, но и музыкантом, художником, архитектором, историком и философом. «Навои, подобно своим западным современникам типа Леонардо да Винчи, выступает перед нами как всесторонне развитая и цельная личность, объединяющая в своем универсализме науку и искусство, философскую теорию и общественную практику» (В. М. Жирмунский).
Алишер Навои был воспитан на арабской и особенно фарсиязычной поэзии того блистательного периода ее развития, который дал миру Низами, Амира Хусро, Фирдоуси, Унсури, Саади, наконец, его учителя Джами. Навои начал как персоязычный поэт, быстро овладев техникой и образным строем классической персидской поэзии. Но он жил в пору распадения старых культурных зон и складывания новых национальных культур. Как писал Н. И. Конрад, «этот великий поэт, поэт-мыслитель, как его справедливо называют, принадлежащий огромному, этнически столь разнородному миру, стал классиком узбекской поэзии, основоположником узбекской литературы. Его вывели из широчайшей сферы и ввели в узкую. Поэт, у которого герои — кто угодно: Фархад — китаец, Шапур — перс, Ширин — армянка, Кайс — араб, Искандар — грек, этот поэт оказался поэтом узбекского народа». Такова была тенденция культурного развития, и Навои уловил эту тенденцию и откликнулся на нее. Он прекрасно понимал великое значение своей литературной реформы и сам говорил об этом. Сначала в стихах:
(Перевод Л. Пеньковского)
Ту же мысль он высказал на склоне дней в прозе, в своем замечательном трактате «Спор двух языков» (1499): «Богатство тюркского языка доказано множеством фактов. Выходящие из народной среды талантливые поэты не должны выявлять свои способности на персидском языке. Если они могут творить на обоих языках, то все же очень желательно, чтобы они на своем языке писали стихов побольше». И далее: «Мне кажется, что я утвердил великую истину перед достойными людьми тюркского народа, и они, познав подлинную силу своей речи и ее выражений, прекрасные качества своего языка и его слов, избавились от пренебрежительных нападок на их язык и речь со стороны слагающих стихи по-персидски». Вся поэтическая деятельность Алишера Навои была направлена на защиту и прославление родного языка и литературы.
Гуманистический универсализм Навои сказался в обширности и многообразии его творческого наследия. Его лирические стихи — газели — собраны в большой сводный диван «Сокровищница мысли», распадающийся на четыре цикла: «Чудеса детства», «Редкость юности», «Диковины среднего возраста» и «Последние советы старости»; сюда же примыкают стихотворения более сложных форм, созданные на основе газели, — мухаммасы, мусаддасы, местезады, а также кыты, рубаи и восходящие к тюркскому народному творчеству туюги. Навои написал свою «Пятерицу» — «Хамса», куда входят «Смятение праведных», «Фархад и Ширин», «Лейли и Меджнун», «Семь планет», «Стена Искандара». Им также написана философская поэма «Язык птиц» в подражание книге знаменитого поэта Аттара. Перу Алишера Навои, кроме того, принадлежат литературоведческий труд «Собрания утонченных», труд по поэтике «Вес размеров», упоминавшийся труд по лингвистике «Спор двух языков», исторические сочинения «История царей Аджама», «История пророков и ученых», а также философские трактаты, биографии ряда его современников и многое другое.