К вечеру 24 июня в штабе группы армий не оставалось уже никаких сомнений относительно масштабов наступления противника и грозившей армиям опасности. Командование группы еще раз потребовало изменения поставленной перед ним невыполнимой задачи, все еще предусматривавшей решительную оборону рубежа, который войска занимали к началу наступления русских. Гитлер вновь отклонил это требование, одобрив лишь незначительное сокращение линии фронта восточнее Днепра, не решавшее основной проблемы – устранения угрозы глубоким флангам 4-й и 9-й армий. 25 июня обострилось положение 9-й армии в районе Бобруйска. Связь с 4-й армией северо-западнее Рогачева оказалась прерванной. Здесь противник продвинулся далеко на запад и стал угрожать шоссейной дороге Могилев – Бобруйск и одновременно смежным флангам обеих армий. Центр 4-й армии оказался прорванным в направлении Могилева, над ее левым флангом нависла угроза окружения, так как севернее войска 3-го Белорусского фронта, осуществив прорыв юго-восточнее Витебска, продвигались крупными силами вдоль минской автострады. Генерал фон Типпельскирх, принявший командование 4-й армией, вместо ушедшего в отпуск генерал-полковника Хейнрици, взял на себя ответственность в ночь с 25 на 26 июня отвести армию к Днепру. Но и это решение оказалось слишком запоздалым. Оборона на южном фланге 3-й танковой армии была прорвана, центр армии окружен у Витебска северо-западнее Витебска, сильно потрепанный армейский корпус пытался поддержать связь с соседней 16-й армией, правый фланг которой располагался у Полоцка.
События 26 июня еще глубже вскрыли размеры катастрофы, грозившей 9-й и 4-й армиям. Удар 1-го Белорусского фронта западнее Бобруйска грозил перерезать идущие в западном направлении коммуникации 9-й армии и в сочетании с неудержимым прорывом на ее северном фланге привести к окружению этой армии, 4-я армия пока имела возможность беспрепятственно отойти своим южным флангом за Днепр. Противник рвался к Могилеву, между Могилевом и Оршей он переправился через Днепр одновременно с отступавшими частями армии; Орша была окружена с трех сторон, лишь в юго-западном направлении оставался пока свободным проход, к которому был оттеснен левый фланг армии. Коммуникации армии, проходившие через Могилев, Оршу, Борисов, оказались перехваченными, так как противник ударом с севера перерезал минскую автостраду на участке Орша – Борисов. Остатки разбитой 3-й танковой армии пытались задержать продвижение противника юго-восточнее Полоцка у Западной Двины. Между смежными флангами 4-й полевой и 3-й танковой армий была пробита 90-километровая брешь, в которую вошли подвижные соединения русских по обе стороны Сенно.
В этой отчаянной обстановке, когда каждый солдат должен был быть на учете, чтобы попытаться позже восстановить разорванный фронт, Гитлер, несмотря на все возражения, еще раз приказал удерживать Бобруйск, Могилев и Оршу в качестве «крепостей», оставив в каждом из них по одной дивизии. Два дня спустя, когда Орша уже пала, а оба других города были обойдены и отрезаны крупными силами противника, приказ был отменен. Но было уже поздно. В районе Бобруйска, который следовало удерживать как «основу вновь создаваемого на Березине фронта», завершилось окружение главных сил 9-й армии, 4-я армия успела отвести половину сил за Днепр. Здесь, однако, она очутилась в огромном, простиравшемся почти до Минска, лесисто-болотистом районе. Он контролировался крупными партизанскими отрядами и ни разу за все три года не очищался от них, а тем более не оккупировался немецкими войсками. Все переправы и дороги в этом труднодоступном районе, покрытом почти первобытными лесами, были разрушены. Так как противник, продвигаясь крупными силами в юго-западном направлении, уже перерезал автостраду на участке Орша – Борисов, то единственным путем отхода и снабжения для 4-й армии оставалась грунтовая дорога Могилев – Березино – Минск, на которой постепенно скапливались все тыловые службы и обозы, а также все большее количество войск.
29 июня главные силы 9-й армии были окружены в районе Бобруйска, 4-я армия пробивалась по лесистой местности к Березине, остатки 3-й танковой армии были опрокинуты у Лепеля и потеряли непосредственную связь с 16-й армией, продолжавшей обороняться в районе Полоцка.