В 1919 году по заданию подпольной коммунистической партии Азербайджана Берия поступает на службу в контрразведку мусаватистского правительства. Позднее, на процессе 53-го года, этот факт расценили как предательство. Однако в архиве сохранилась объяснительная записка старого большевика И.П. Павлуновского, в 1919–1920 годах являвшегося заместителем начальника Особого отдела ВЧК, в 1926–1932 годах — председателем Закавказского ГПУ, а с 32-го года — заместителем наркома тяжелой промышленности Серго Орджоникидзе. Она датирована 25 июня 1937 года и адресована лично Сталину. Павлуновский писал, что перед назначением его на работу в Закавказье имел беседу с Дзержинским: «Т. Дзержинский сообщил мне, что один из моих помощников по Закавказью т. Берия при мусаватистах работал в мусаватистской контрразведке. Пусть это обстоятельство меня ни в какой мере не смущает и не настораживает против т. Берия, так как т. Берия работал в контрразведке с ведома ответственных т.т. закавказцев и что об этом знают он, Дзержинский и т. Серго Орджоникидзе». В Тифлисе Орджоникидзе подтвердил Павлуновскому, что Берия работал в мусаватистской контрразведке по поручению партии и об этом известно не только ему, Орджоникидзе, но и Кирову, Микояну и тогдашнему секретарю Кавказского бюро партии А.М. Назаретяну. Павлуновский заключил свою записку следующими словами: «Года два тому назад т. Серго как-то в разговоре сказал мне: а знаешь, что правые уклонисты и прочая шушера пытаются использовать в борьбе с т. Берия тот факт, что он работал в мусаватистской контрразведке, но из этого у них ничего не выйдет. Я спросил у Серго, а известно ли об этом т. Сталину. Т. Серго Орджоникидзе ответил, что об этом т. Сталину известно и что об этом он т. Сталину говорил».
В своей записке Павлуновский сообщил также об отношении Орджоникидзе к Берии: «В течение двух лет работы в Закавказье т. Орджоникидзе несколько раз говорил мне, что он очень высоко ценит т. Берия как растущего работника, что из т. Берия выработается крупный работник и что такую характеристику т. Берия он, Серго, сообщил и т. Сталину». Интересно, что на судьбу самого Павлуновского эта записка никак не повлияла. Сталин методически уничтожал людей из окружения Орджоникидзе. В конце июня, буквально через пару дней после подачи записки о Берии, Павлуновский был на пленуме выведен из кандидатов в члены ЦК, исключен из партии, вскоре арестован и 30 октября 1937 году расстрелян. Очевидно, что у него не было никаких мотивов, чтобы искажать биографию Лаврентия Павловича или приукрашивать отношение к нему Орджоникидзе. Сталин же, несмотря на конфликт с Серго и самоубийство последнего, согласился с его характеристикой деловых качеств Берии. Иосиф Виссарионович всегда ценил Орджоникидзе как опытного хозяйственника и рекомендацию, данную Берии, воспринял очень серьезно. Тем более что о Лаврентии Павловиче хорошо отзывался и Микоян. Через два месяца после записки Павлуновского Берия был вызван в Москву и назначен заместителем Ежова.
Сам Берия никогда не утаивал факт своей службы в мусаватистской контрразведке. В частности, в автобиографии 1923 года можно прочесть: «Осенью того же 1919 года от партии Гуммет поступаю на службу в контрразведку, где работаю вместе с товарищем Мусеви. Приблизительно в марте 1920 года, после убийства товарища Мусеви, я оставляю работу в контрразведке и непродолжительное время работаю в Бакинской таможне». Из контекста этого сообщения становится ясно, что в контрразведке Берия работал как тайный большевистский агент, и вынужден был спешно покинуть службу в контрразведке после разоблачения и гибели своего сообщника.
В 1920 году Лаврентия Павловича направили на нелегальную работу в Грузию, где у власти находилось меньшевистское правительство. Берия выехал туда по фальшивым документам на имя Лакербайя. Арестованный после Второй мировой войны грузинский эмигрант Ш. Беришвили, живший в Париже, во время следствия в 53-м году показал: «Когда однажды, в 1928 или 1929 году, я и мой дядя Ной Рамишвили — бывший министр внутренних дел при меньшевиках — прочитали в тбилисской газете «Коммунист» (а газету мы выписывали) о назначении Берии на какую-то должность, то Рамишвили вспомнил в моем присутствии об аресте Берии в 1920 году меньшевистским правительством. Рамишвили сказал, что Берия был арестован начальником особого отряда Меки Кедия в 1920 году, когда Берия из Баку приехал в Грузию по какому-то заданию от большевиков. Рамишвили тогда же сказал мне, что Берия после ареста все рассказал ему о своих заданиях и связях. Я удивился, а Рамишвили велел мне напомнить об этом, когда к нему придет Кедия Меки. Последний к нам вообще приходил часто.
Когда к нам пришел Меки Кедия, то мы спросили его об аресте Берии в 1920 году и о том, как Берия вел себя на допросах. Кедия подтвердил, что Берия после ареста плакал и всех выдал, после чего был освобожден».