Но Габиний воевал в Иллирике очень неудачно. В конце концов он потерпел серьезное поражение от местных племен и вскоре умер в прибрежном городе Салона. Его неудачи, а затем и его смерть привели к активизации действий флота Октавия, которому удалось приобрести расположение и даже поддержку местного населения. Спас положение Публий Ватиний, комендант Брундизия. Он вывел оттуда наспех собранную эскадру, состоявшую в основном из легких весельных судов, несравненно более слабую, чем флот Октавия, рискнул на неравный бой и блестяще его выиграл. Благодаря этой победе Адриатика была полностью очищена от вражеского флота, Не очень благоприятная ситуация сложилась тем временем и в Испании. Квинт Кассий Лонгин, бывший здесь когда–то квестором Помпея, а ныне назначенный Цезарем в качестве наместника Дальней Провинции, возбудил своими действиями всеобщее недовольство. Его ненавидело местное население, которое он душил налогами и поборами, так как отличался необузданным корыстолюбием; не пользовался он уважением и популярностью также среди своих приближенных. На него даже было совершено покушение, правда неудавшееся. Кассий жестоко расправился с участниками заговора, за исключением тех, кто сумел откупиться деньгами.
Вскоре после того, как Кассий оправился от ран в результате покушения и возобновил политику поборов, в Испании вспыхнуло восстание. Его начал так называемый Туземный легион, к которому затем присоединились и другие. Движение приобрело сначала антицезарианский характер, солдаты даже стали писать на своих щитах имя Помпея, но затем, когда во главе восставших встал Марк Марцелл и когда восставшие убедились, «что для преследования Кассия вовсе нет надобности в имени и памяти Помпея» , дело свелось к борьбе между Марцеллом и Кассием. Фактически в Испании началась новая гражданская война. Последствия ее могли быть весьма опасны для дела Цезаря, но благодаря вмешательству и посреднической роли проконсула Ближней Испании М. Эмилия Лепида дело до крупных сражений не дошло. А когда в Дальнюю Испанию прибыл новый проконсул Гай Требоний, то Кассий, разместив находившиеся под его командованием легионы и конницу по зимним квартирам, сам отправился в Малаку и, предусмотрительно забрав все свое имущество, погрузился на корабль с намерением отплыть домой, в Италию. Но плавание оказалось несчастливым, корабль затонул во время бури, и Кассий погиб. Все же его краткое управление Дальней Провинцией принесло делу Цезаря большой вред; оно укрепило позиции помпеянски настроенных кругов населения.
Примерно в это же время, к весне 47 г., наблюдается явное оживление и на другом театре войны — в Северной Африке. Здесь происходит постепенная концентрация, сосредоточение крупных антицезарианских сил. После Фарсала многие крупные деятели, приближенные Помпея, оказались сначала на юге Балканского полуострова. Но, убедившись в ближайшее же время, что они не располагают силами, которые могли бы быть противопоставлены силам Фуфия Калена, наместника Ахайи, Катон, а вместе с ним такие известные военачальники, как Лабиен, Афраний, Петрей, с небольшим количеством оставшихся в их распоряжении войск переправились в Киренаику. Здесь им стало известно о гибели Помпея (от его сына Секста).
Политическим и идейным вождем антицезарианского движения становится теперь Катон. Верховное командование над всеми вооруженными силами было поручено Метеллу Сципиону, прибывшему в Африку даже раньше Катона и других видных помпеянцев. Аттий Вар, бывший до того времени фактическим наместником в Африке, и нумидийский царь Юба, старый приверженец Помпея, признали верховное руководство Сципиона и объединили с ним свои силы. Таким образом, под командованием Сципиона оказалась большая армия: 10 римских легионов, четыре легиона Юбы, крупный отряд конницы и даже 120 слонов. Помпеянцы располагали также довольно сильным флотом, который время от времени совершал налеты на берега Сицилии и Сардинии, установили связи со своими сторонниками в Испании и даже готовились, по некоторым сведениям, к вторжению в Италию. Это в общем была вполне реальная опасность.
И наконец, тревожные известия начали поступать к Цезарю из самого Рима. Когда он в Египте узнал о своем вторичном провозглашении диктатором, то назначил начальником конницы (т. е. своим заместителем) Марка Антония, который после Фарсала был им отправлен с частью войск в Италию. Кроме того, Цезарь, используя права диктатора, отложил выборы магистратов в Риме (на предстоящий 47 г.) вплоть до своего возвращения. В силу этого Марк Антоний оказался на положении как бы единодержавного правителя Рима: с начала 47 г. рядом с ним не было ни одного высшего магистрата (за исключением народных трибунов).