15 сентября 1958 года Сергей Королёв подписал окончательный отчет по кораблю-спутнику, а на следующий день направил письма в Академию наук СССР, руководителям ракетной отрасли и Совету главных конструкторов с уведомлением о завершении исследований, позволяющих приступить к разработке «пилотируемого спутника Земли».
На Совете главных конструкторов, состоявшемся в ноябре 1958 года, было заслушано три доклада: о проекте автоматического спутника-фоторазведчика, о проекте аппарата для полета человека по баллистической траектории и о проекте пилотируемого орбитального аппарата. После обсуждения из двух последних проектов был выбран именно пилотируемый орбитальный. Ему же конструкторы дали наибольший приоритет по сравнению с фоторазведчиком, хотя Министерство обороны настаивало на обратном.
Чтобы ускорить процесс подготовки чертежей, Сергей Павлович приказал расформировать группы, трудившиеся в ОКБ-1 над различными системами корабля, и объединить специалистов в новообразованном секторе, который возглавил Константин Феоктистов. Ведущим конструктором корабля, получившего красивое и многозначительное название «Восток», стал Олег Генрихович Ивановский, до того участвовавший в создании спутников и лунников.
Инженер-конструктор Владимир Михайлович Молодцов вспоминал (цитирую по его статье «История проектирования корабля „Восток“», 2001):
Работа над кораблем требовала широкой кооперации с привлечением смежников, ведь для пилотируемого космического полета нужно было сконструировать и систему жизнеобеспечения, и систему голосовой связи, и телевизионный комплекс, и пульт ручного управления, и посадочные парашюты, и многое другое. Инициативы одного бюро тут явно недоставало – необходимо было получить правительственное постановление. Поэтому для Королёва на новом этапе стало важно, чтобы его поддержали не только соратники по Совету главных конструкторов и члены Академии наук, но и военные, от которых напрямую зависело финансирование перспективных проектов.
Тут Сергей Павлович проявил политическую гибкость – в начале 1959 года он предложил унифицировать системы пилотируемого корабля и спутника-фоторазведчика. На спутнике предлагалось установить сложное и дорогое оборудование, которое должно использоваться многократно. Напрашивался вариант – разместить его в спускаемом аппарате вместо пилота и возвращать на Землю вместе с отснятыми пленками. Разумеется, это требовало полной автоматизации корабля, что Королёва вполне устраивало: в первых пилотируемых полетах он хотел свести влияние человеческого фактора к минимуму. Фоторазведчик был принят в разработку под названием «Восток-2». Во избежание путаницы позднее его переименовали в «Зенит-2».
Тем не менее военные требовали, чтобы работа над фоторазведчиком была приоритетной. В проекте постановления правительства, который обсуждался в феврале 1959 года, фигурировал только этот космический аппарат. Тогда Королёв через Мстислава Келдыша добился включения в текст постановления фразы о пилотируемом корабле-спутнике.