В ходе расследования причин гибели корабля выяснилось следующее: систему подрыва установили по требованию военных – она предназначалась для фоторазведчиков «Зенит-2» («Восток-2», «2К») и была нужна, чтобы секретное оборудование и пленки с заснятыми объектами не попали в руки «потенциального противника». Если траектория спуска оказывалась слишком пологой – это определялось датчиком перегрузки – и возникала вероятность приземления на территорию другого государства, АПО срабатывал и уничтожал космический аппарат. К этому печальному варианту развития событий корабль подтолкнула мелкая неисправность в тормозной двигательной установке. Дело в том, что время работы ТДУ-1-44 секунды. Всё это время она должна была строго ориентирована в пространстве по вектору орбитальной скорости, иначе корабль просто закувыркается. Конструктор тормозной установки Алексей Михайлович Исаев нашел изящное решение – стабилизировать ее за счет газов, истекающих из газогенератора, подавая их в набор рулевых сопел, которые устанавливались вокруг главного сопла ТДУ-1. Похоже, одно из рулевых сопел было повреждено. Из-за этого корабль сошел с расчетной траектории, после чего и сработал АПО. Разумеется, детали происшествия были засекречены. В официальном сообщении ТАСС говорилось:
Более расплывчатую формулировку трудно придумать. К тому же она вызывала вопросы. Что значит «нерасчетная траектория»? Почему она привела к «прекращению существования»? А что, если корабль с человеком выйдет на «нерасчетную траекторию»? Он тоже погибнет?…
Хотя вины главного конструктора в гибели корабля не было, Сергей Королёв всё равно воспринял утрату близко к сердцу. И тут Юрий Гагарин вновь проявил себя с лучшей стороны. Начальник ЦПК ВВС Евгений Анатольевич Карпов вспоминал (цитирую по фонозаписи, сделанной 15 марта 1984 года):
Как видите, не только развитая эмпатия, но и глубокая искренняя вера Юрия Гагарина в нужность всего, что делал Королёв с соратниками, выделяла его среди других. Другие слушатели собирались быть испытателями, а Гагарин мечтал уже о большем – о том, чтобы космос стал домом для человечества.