Однако исследователи справедливо отмечали, что все известные данные об опричниках, занимавших в опричном дворе сколько-нибудь видное положение, говорят об ином: всех этих людей царь взял в свой двор из состава старого «государева двора» и к низам дворянского сословия они никак не принадлежали. Да и сам Штаден сообщал, «что князья и бояре, взятые в опричнину, распределялись по ступеням (in gradus) не по богатству, а по породе (nach Geburt)».
Элемент истины в высказываниях иноземцев, как представляется, был. Борясь с изменой, опричные власти поощряли доносы боярских слуг на своих господ. Согласно сообщению Штадена, если кто-либо из боярских слуг являлся к одной из застав, окружавших Александрову слободу, и заявлял: «У меня есть дело господарское», его «тотчас доставляли от заставы в Слободу в приказ, и всему, что бы он ни говорил о своем господине, давали веру». Не исключено, что такие слуги, засвидетельствовавшие свою верность царю, могли получить часть владений прежних господ и даже быть принятыми в опричнину, но никакой значительной роли в опричном дворе они не играли и в окружение царя не входили.
Новый опричный двор по своей структуре и по своей иерархической организации во всем воспроизводил порядки старого «государева двора», а место того или иного сына боярского на иерархической лестнице определялось традиционными правилами. Принципиальное новшество состояло в том, что царь не пожелал взять в опричнину наиболее знатные княжеские и боярские роды, и поэтому открылся доступ к высоким должностям в опричном дворе для людей, которые при обычном положении вещей могли бы претендовать лишь на вторые роли. К тому же в сложившемся положении именно лица, служившие в опричном дворе, пользовались наибольшей близостью к государю и могли оказывать решающее влияние на положение дел в государстве. Именно поэтому часть политической элиты вместе с частью чинов двора стала на сторону царя во время политического кризиса рубежа 1564—1565 годов. В состав опричной Думы вошли члены старомосковских боярских родов — Плещеевы, Колычевы, Бутурлины и другие. В их числе не оказалось царских родственников — Захарьиных. Они, очевидно, принадлежали к числу тех советников, чье поведение в начале 60-х годов XVI века разочаровало царя.
Во главе опричной Думы Иван IV поставил брата царицы — Михаила Темрюковича. Своему шурину царь пожаловал в удел город Гороховец. Позднее вспоминали, что в годы опричнины Михаил был «человек великий и временной, управы было на него добиться не мочно». Однако царь не давал шурину ответственных государственных поручений, и можно думать, что его роль была скорее почетной. Наиболее влиятельным лицом в опричной Думе в первые годы опричнины был, конечно, ближайший советник царя Алексей Данилович Басманов, ставший, по существу, первым человеком в государстве после царя. Кроме Алексея Басманова и его сына Федора, ставшего царским кравчим, особенно близким к царю лицом в первые годы опричнины был князь Афанасий Иванович Вяземский. Читателям романа Алексея Толстого «Князь Серебряный» Вяземский должен был запомниться как пример родовитого аристократа, пренебрегшего интересами своей касты и «вписавшегося» в опричнину ради карьеры. Этот пример, может быть, лучше, чем другие, показывает, как плохо представляли себе в XIX веке историю русского дворянства. Когда-то князья Вяземские были действительно владельцами крупных родовых вотчин на Смоленщине, в состав которых входил и сам город Вязьма. Однако, когда восточная часть Смоленщины в конце XV века вошла в состав Русского государства, князья Вяземские утратили родовые вотчины и вместе с другими местными землевладельцами были переселены на восточную окраину государства и получили поместья на Волге в Костромском и Романовском уездах. В составе «государева двора» князья Вяземские занимали невысокое положение. Когда в 1550 году из состава двора была выбрана тысяча лучших слуг для наделения их поместьями под Москвой, в их состав попал лишь один представитель этого рода. В «Разрядных книгах» до наступления опричнины князь Афанасий также не упоминается — очевидно, он не получал назначений ни воеводой в полк, ни наместником какого-либо города. Таубе и Крузе упоминают Афанасия Вяземского среди людей, сопровождавших царя в Слободу Об особой близости Вяземского к царю говорит свидетельство Шлихтинга, что только из его рук Иван Васильевич принимал лекарства. Позднее, после возвращения царя в Москву, в начале 1565 года, Вяземский вместе с Алексеем Басмановым проводил «перебор» детей боярских из Суздаля, Вязьмы и Можайска. В следующем 1566 году он участвовал в важных переговорах с литовцами как царский оружничий, окольничий и наместник Вологды. На этом примере ясно видно, какие возможности открывались в опричнине для карьеры сына боярского, не принадлежавшего к элите «государева двора».