Теоретические положения Павлова об охранительной и восстановительной роли торможения лежат также в основе его взглядов на механизм возникновения и локализации внутреннего торможения, т. е. по вопросам, которые были поставлены выше, но не освещены под этим углом зрения. По Павлову, кортикальные клетки, отличающиеся высокой реактивностью и хрупкостью, подвержены истощению и функциональному разрушению даже при действии условного раздражителя, в особенности продолжительного и повторного его применения. И в данном случае в качестве физиологической меры самозащиты возникает торможение как активный по природе и экономичный по характеру естественный охранительный и восстановительный процесс. Как же понять с этой точки зрения факт сохранения условных рефлексов при их подкреплении адекватными безусловными рефлексами и факт неминуемого развития условного торможения при отмене этого подкрепления? Павлов объяснял эти общеизвестные факты с точки зрения установленных в его лабораториях данных о том, что действие безусловного раздражителя во время подкрепления развивает сильное индукционное торможение на кортикальные клетки условного раздражителя, прекращает, их работу и тем обеспечивает им заслуженный покой, содействует нормализации их функционального состояния и продолжительному сохранению дееспособности. При неподкреплении условного рефлекса эти структуры не подвергаются индукционному торможению, продолжительное время остаются в состоянии следового возбуждения и поэтому истощаются быстрее и глубже. Повторное неподкрепление усугубляет их истощение и функциональное разрушение, и на арену вступает охранительное торможение. Таким образом, по Павлову, индукционное торможение кортикальных клеток условного раздражителя подкрепляющим безусловным рефлексом играет роль профилактического фактора, предотвращает глубокое истощение этих клеток и тем самым устраняет необходимость развития в них охранительного торможения.
Недостаточно ясным при этом остался важный вопрос о том, как происходит преобразование охранительно-восстановительного торможения в координационное условное торможение, особенно в хронические его разновидности. Можно лишь косвенно и с существенными оговорками распространить на этот конкретный и частный случай некоторые общего характера высказывания Павлова относительно выработки тормозных условных рефлексов при повторном совпадении действия раздражителей с тормозными состояниями в коре большого мозга. Но зато совершенно ясными и определенными были его взгляды на локализацию условного торможения: он считал, что это торможение возникает и локализуется в кортикальных клетках условного раздражителя.
Из всего сказанного выше о явлениях торможения в условно-рефлекторной деятельности явствует, что вклад Павлова в разработку этой сложной проблемы исключительно велик. Выявлением, характеристикой и классификацией новых видов и разновидностей кортикального торможения, определением их роли в деятельности высшего отдела центральной нервной системы он по существу открыл новую эру в истории разработки проблемы торможения в целом, этой важнейшей и неизменно актуальной проблемы нейрофизиологии. И тем не менее Павлов с присущей ему самокритичностью и скромностью был весьма строг в оценке собственных достижений, не удовлетворен разработкой многих аспектов проблемы и высказывался по тем или иным вопросам торможения с неизменной осторожностью и постоянными оговорками. Нередко он даже менял свое мнение по отдельным вопросам, мотивируя все это крайней сложностью проблемы, неимоверной трудностью ее экспериментального изучения и особенно теоретического осмысления.
Метод условных рефлексов оказался весьма плодотворным и для исследования ряда актуальных, но запутанных проблем современной биологии и медицины, связанных со структурными и функциональными особенностями мозга. К этим проблемам относятся специализация и локализация функций в коре, типологические особенности нервной системы и характер ее деятельности.