Прибыв в Маргелан 4 июля, И. В. Мушкетов до 8 июля занимается сборами к предстоящей экспедиции на Алай и Памир. Большое содействие в этом ему оказал военный губернатор А. К. Абрамов, который дал указание начальникам уездов помогать И. В. Мушкетову и обеспечить его безопасность. 8 июля И. В. Мушкетов выехал из Маргелана. Посетив вначале месторождения нефти, серы и гипса, связанные с меловыми и третичными терригенно-карбонатными толщами в районе Риштана, он направился в пос. Вуадиль, откуда начал 18 июля подъем по склону Алайского хребта к перевалу Кара-Казык, путь куда оказался нелегким. «На высоте около 1200 футов, — пишет И. В. Мушкетов,{4}
-— снег кончается и начинаются почти отвесные скалы с наваленными огромными валунами, по которым и вьется зигзага|ми тропинка на перевал. Подъем этот необыкновенно крутой, каменистый. . . Поднимаясь все с большим трудом вверх по тропинке, мы, чем дальше, тем чаще, останавливались отдыхать. . . Уже на половине перевала многие чувствовали головокружение. . . Вторая половина перевала была еще более затруднительна: трудность дороги увеличивалась крутизною, а разряженность воздуха и утомление лишали сил многих из нас. Остановки делались чуть не через каждые десять сажень, и потому подъем совершался крайне медленно. Роскошный вид с перевала почти утратил всякую красоту для нас. Все были в возбужденном состоянии, что обнаруживалось в частых перебранках между казаками. . . Наконец после долгих трудностей и усилий мы взобрались на острый гребень перевала, который по сравнению со склоном представляет положительно лезвие ножа. . Спуск с перевала был немногим легче, нежели подъем, — такие же крутые и каменистые склоны. . .».Отсюда они перешли в долину р. Кок-су, спустились по ней в Алайскую долину, пересекли р. Кызыл-су и вошли в ущелье Терс-Агара, в начале которого обнажались третичные красноцветные толщи, содержащие штоки каменной соли. По этому ущелью поднялись на Заалайский хребет, вышли на плоский перевал Терс-Агар и затем спустились в долину р. Мок-су, расположенную уже в северной части Памира. И. В. Мушкетов предполагал, направившись вверх по р. Мок-су, проникнуть в глубь Памира. Но от этого маршрута пришлось отказаться ввиду развернувшихся здесь военных действий и возвратиться в Алайскую долину прежним путем. Оттуда вверх по р. Кызыл-су экспедиция дошла до расположения русского военного отряда, в урочище Арча-булак, и 27 июля в сопровождении конвоя казаков И. В. Мушкетов выехал к ущелью Кызыл-Арта и по одноименному перевалу достиг бассейна р. Кок-Сай и оз. Кара- Куль, находящихся в пределах Памира. «Пройдя от перевала Кызыл-Арта верст 8—10, — писал И. В. Мушкетов,{5} — мы расположились ночевать 28 июля почти на голом песке. Все эти горные долины буквально лишены какой-бы то ни было растительности, не говоря уже о лесе, так что нам пришлось вести с собою топливо. Не было даже обыкновенной мелкой травы: камни, камни и снег. . ., при этом довольно сильный ветер. Было что-то давящее, безотрадное в этой ужасной пустыне, хотелось бежать от нее. К тому же, если вспомнить, что каждую минуту можно было бы ожидать нападения. . ., то станет понятно, что ночлег вовсе не радовал нас; все заметно приуныли, хотя нас было до 30 человек, хорошо вооруженных... Мы с радостью встретили наступившее утро, и я поспешил осмотреть оз. Кара-Куль, чтобы в тот же день успеть уйти из Шугнанских владений и, таким образом, избегнуть несносного ночлега в этой местности». 30 июля они возвратились в урочище Арча-булак, где И. В. Мушкетов провел несколько дней, приводя в порядок коллекции горных пород, и оказался невольным свидетелем лагерной жизни русского военного отряда. «Жизнь эта не особенно веселая; каждый терпит ее, так сказать, из-под палки. К сожалению, из моих наблюдений над обществом офицеров я должен был прийти к тому печальному выводу, что люди, получившие высшее образование, хуже понимают свои обязанности и менее нравственно развиты нежели те, которых почти не коснулась наука. . . Большинство туркестанских врачей не удовлетворяют своему назначению».{6} 4 августа он с большим интересом посмотрел скачки и игры кара-киргизов в долине Алая.