Одним из основных результатов исследований И. В. Мушкетова в Калмыцкой степи явилось определение западной границы развития каспийских морских отложений, совпадающей с восточным подножием Ергеней. Установив широкое распространение пресных подземных вод в Ергенях — в высокой степи — в верхних горизонтах третичных песчаных отложений («жерновых песчаниках»), И. В. Мушкетов предположил вероятное развитие последних и к востоку от Ергеней — в низменной Калмыцкой степи — под покровом каспийских осадков, откуда, по его мнению, могли быть получены пресные артезианские воды. Но уже в окончательном отчете по исследованиям в Калмыцкой степи в 1884—1985 гг. он писал: «...так как за сохранение жерновых песчаников в степи поручиться нельзя, они, вероятно, смыты, то может случиться, что артезианской воды и не получится в указанном горизонте, т. е. от 50 до 100 м .. .».{7}
Этот прогноз, к сожалению, оправдался: «жерновые песчаники», как это было позже установлено, резко выклиниваются на восточной окраине Ергеней. Правда, И. В. Мушкетов рекомендовал бурить и глубже, до меловых и юрских пластов, в надежде вскрыть в них пресные артезианские воды, столь важные для решения вопроса водоснабжения этого края. Следовательно, его предложения о заложёнии здесь поисковых на воду скважин были вполне обоснованны.Во второй половине августа и в сентябре 1884 г. И. В. Мушкетов по заданию Горного департамента исследовал район Кавказских минеральных вод. Ему была поручено установить здесь охраны эксплуатируемых минеральных источников (Пятигорских, Железноводских, Ессентукских, Кисловодских); обследовать Кумогорские минеральные источники, а также проверить обоснованность геологическими материалами имеющихся проектов (французского инженера Леона Дрю и других) по разведке и каптажу различных минеральных вод с целью увеличения их притока. Особое беспокойство Горного департамента вызывали Ессентукские источники № 17 и № 18, наиболее ценные по лечебным свойствам, но с низким дебитом (около 40 ведер в сутки). 12 сентября 1884 г. в Пятигорске И. В. Мушкетов участвовал в работе совещания, на котором были определены минеральные источники Пятигорска, заслуживающие наибольшего внимания в бальнеологическом отношении и соответственно нуждающиеся в установлении округов охраны.
Поскольку начало изучения Кавказских минеральных вод восходит еще к концу XVIII века, И. В. Мушкетов справедливо полагал, что материал, необходимый для выявления генезиса минеральных вод и определения их округов охраны, имеется, но такового, как ни странно, не оказалось, и это поставило его в большое затруднение. «Осмотрев в 15 экскурсиях вместе с горн. инж. А. И. Незлобинским все выдающиеся горы, — писал он,{8}
— большей частью от подошвы до вершины, как то: Бештау, Железную, Верблюд ... и др., а также главные долины..., а также прибавляя данные моих экскурсий в 1881 г. ... и приняв на веру многое, в чем не было оснований сомневаться из прежних исследований, я пришел к некоторым общим заключениям, которые дали мне возможность при помощи прежних разведок сделать определения округов охраны на всех группах Кавказских минеральных вод...».Заключения И. В. Мушкетов строил, опираясь прежде всего на свои представления о питании минеральных вод за счет атмосферных осадков, а также о региональных структурных особенностях рассматриваемой территории. Согласно им, район Кавказских минеральных вод располагается в месте пересечения двух зон поднятий — северо- западной (более древней) и северо-восточной (более Молодой). При этом горы Бештау, Железную, Машук, Бык и другие в Пятигорском районе он рассматривал как проявления складчатости, что не подтвердилось позднейшими детальными исследованиями. Вместе с тем И. В. Мушкетов верно подметил, что в размещении источников минеральных вод большая роль принадлежит разломам и трещинам северо-восточного направления. Не разделяя взгляда на возникновение минеральных источников в результате процессов вулканизма, он писал: «... я считаю, что не вулканические излияния были причиною поднятий и образования источников, как это думают Абих, Ж. Франсуа и др., а, напротив, сами эти излияния есть одно из следствий общей дислокации, проявлявшейся в новейшее время в северо-восточном направлении и обусловленной, как и все крупные дислокации на земной поверхности, одинаковой причиною — медленным, но постоянным стяжением земной коры».{9}
В этой работе И. В. Мушкетов впервые достаточно четко изложил свои взгляды о преобладании процессов сжатия в направленном развитии Земли.