Е. П. Мушкетова предоставила в распоряжение В. А. Обручева и К. И. Богдановича все оставшиеся материалы Ивана Васильевича по «Туркестану» и выхлопотала средства в военном министерстве на издание. Но оказалось, что рукопись большей части второго тома «Туркестана», подготовленная И. В. Мушкетовым, сгорела во время пожара в типографии, где она находилась на хранении. В. А. Обручеву пришлось заново составлять текст второго тома на основании дневников путешествий И. В. Мушкетова и по отдельным сохранившимся наброскам. К. И. Богданович проверил определения горных пород в тексте (по описаниям шлифов и просмотру коллекций образцов) и руководил изданием второго тома «Туркестана» в Петербурге. В этот том были включены и работы И. В. Мушкетова по полезным ископаемым Туркестана. В октябре 1902 г. В. А. Обручев и К. И. Богданович завершили подготовку второго тома «Туркестана» к печати, и в 1906 г. он вышел в свет. «Выпуская в свет второй том „Туркестана", — писали В. А. Обручев и К. И. Богданович,{10}
— мы прекрасно сознаем, что он представляет далеко не то, что предполагал издать покойный профессор; но исполнить его предположения в точности мы не могли и утешаемся сознанием, что спасли от забвения ценный фактический материал, который несомненно окажется полезным».Средства на издание «Физической геологии» были предоставлены Институтом инженеров путей сообщения. И. В. Мушкетов успел полностью подготовить к печати почти половину второго тома «Физической геологии» (двенадцать листов уже были даже отпечатаны). В связи с этим было решено издать второй том в двух выпусках: первый — геологическая деятельность атмосферы и подземной воды, второй — геологическая деятельность проточной воды, озер, моря и льда. Наблюдение над изданием первого выпуска принял на себя Л. И. Лутугин; небольшие дополнения (распространение термоминеральных источников на Кавказе и др.) были сделаны в конце выпуска К. И. Богдановичем. В 1903 г. первый выпуск был опубликован, второй вышел в свет в 1906 г. с дополнениями К. И. Богдановича.
Следующее, третье издание «Физической геологии» И. В. Мушкетова было осуществлено в 1924—1926 гг. его сыном Дмитрием Ивановичем Мушкетовым, который внес целый ряд дополнений, сохранив общий план книги и особенности ее как учебника и одновременно справочной книги по геологии.
Валериан Николаевич Вебер.
Александр Петрович Герасимов.
«Несколько поколений русских геологов, — писал Д. И. Мушкетов,{11}
— не только воспитывались на „Физической геологии" Мушкетова, но десятилетиями привыкли видеть в ней именно настольную справочную книгу, дающую исходные точки для всех геологических вопросов. Эта роль важна не менее, чем чисто учебная. . .». В подготовке третьего издания участвовала, как и прежде, Е. П. Мушкетова. В 1935 г. вышел в свет четвертым изданием первый том «Физической геологии», значительно переработанный и дополненный Д. И. Мушкетовым.Русское Географическое общество, чтя память и заслуги И. В. Мушкетова, предприняло в 1910—1915 гг. издание его сочинений. В 1910 г. был опубликован под редакцией А. П. Герасимова и Ю. М. Шокальского первый выпуск его трудов, охватывающий 1872 — 1882 гг. При этом некоторые работы были опубликованы впервые. В 1912 г. во втором выпуске сочинений И. В. Мушкетова был впервые напечатан под редакцией А. П. Герасимова его отчет о путешествии на Алай и Памир в 1877 г., обнаруженный в домашнем архиве П. П. Семенова- Тян-Шанского. И, наконец, в 1915 г. Географическое общество предприняло второе издание важнейшего сочинения И. В. Мушкетова — первого тома «Туркестана», дополненного его учениками (Л. С. Бергом, В. Н. Вебером, Д. И. Мушкетовым и др.) новыми данными (по 1914 г.) по геологии и географии этого региона.