Из давних времен Христианской Церкви

С 1 сентября 1895 года он занял кафедру церковной истории Московского университета. В следующем году, 14 мая, он был произведён в чин действительного статского советника в 1898 году был удостоен звания заслуженного профессора университета.

Хотя А. П. Лебедев «политикой интересовался, но не занимался», его научные интересы, включавшие также судьбу Греческой церкви после падения Константинополя, вызывали

в отношении историка нападки со стороны консервативно настроенной части духовенства. В одном из отзывов Лебедев по своему дурному влиянию на студентов сравнивался с В. С. Соловьевым и С.Н. Трубецким. В конце жизни Лебедев, ознакомившись с перепиской митрополита Филарета (Дроздова), написал ряд статей, в которых он попытался развеять сложившееся устойчивое мнение о митрополите как о душителе свободной мысли в российском богословии Лебедев не принимал обвинений в антиправославии и пропагандировании протестантской идеологии. Он настаивал, что церковный историк должен стоять выше любой конфессиональности и рассматривать все христианские церкви и все христианские общины как единую семью, как единый народ Божий.

Напряжённо работая до последних дней жизни по 14–15 часов в сутки, Лебедев в последние годы почти ослеп.

Скончался неожиданно, 14 (27) июля 1908 года, «проболев всего 10 дней ползучей рожей, которой заразился в бане»; исход болезни решила неудачная операция трахеотомии, во время которой он умер от удушья. Был похоронен на кладбище Спасо-Андрониевского монастыря. Как отмечалось в некрологе: «Можно с полной уверенностью сказать, что давно уже у нас не было такого профессора, который бы за 30 лет деятельности успел написать и напечатать такую массу ценных, капитальных трудов…». Печатался он в «Русском вестнике», «Прибавлениях к творениям Св. отцов», «Богословском вестнике», «Душеполезном чтении», «Московских ведомостях» и др.

Был членом Общества любителей духовного просвещения, активным участником публичных богословских чтений в Москве. Среди его учеников – Н. Н. Глубоковский, А. А. Спасский, А. П. Доброклонский, И. Д. Андреев, А. И. Покровский, протоиерей А.В. Мартынов.