К этому приказу приложили руки заведовавший научно-техническими делами ВСНХ СССР Н. И. Бухарин и М. Н. Тухачевский. По договоренности с ними не переносивший Королева начальник РНИИ И. Т. Клейменов сократил начинающего «организатора космических полетов» до «старшего инженера бригады Е. С. Щетинкова», чтобы не устраивал непримиримых выяснений отношений с руководством. Вдобавок ко всему 11 января 1934 года приказом по личному составу РККА Королева уволили с действительной военной службы в резерв. Но это было только начало самой черной полосы в его жизни, продлившейся около 10 лет.
…В те времена было в порядке вещей писать друг на друга жалобы и доносы. Это настолько вошло в «политическую моду», что, согласно выводам А. Н. Яковлева, председателя комиссии по реабилитации жертв незаконных репрессий, писали друг на друга почти все. Не обошла эта «болезнь» и молодого Королева. Вот слова из его жалобы Тухачевскому на начальника Клейменова от 29 мая 1934 года: «Клейменов не успокаивается и ставит вопрос перед командованием Управления РККА о моем исключении из рядов резерва РККА. Когда это не получается, он ставит вопрос о том, что он не может работать в одном учреждении со мною (хотя сейчас мы непосредственно по работе не связаны)…» То ли жалоба достигает цели, то ли все происходит согласно принципу «разделяй и властвуй», но Клейменов, оставшись начальником, на время успокоился (и даже дал Королеву рекомендацию в партию), а затем вообще «загремел» как «враг народа» и был расстрелян, успев, правда, перед расстрелом «разоблачить» Королева как своего сообщника.
Примером другого обращения является жалоба Королева от 19 апреля 1938 года на новое начальство института в Октябрьский райком партии: «Мне он (арестованный Клейменов, — НАД.) очень много сделал плохого, и я жалею, что взял у него рекомендацию… Встал вопрос вообще о возможности моей работы в институте. Директор института т. Слонимер дал мне срок до 1 мая 38 г., после чего он собирается уволить меня… Так продолжаться дальше не может: или же я действительно должен оставить институт в угоду Костикову… или обстановка д. б. изменена». На этот раз жалоба не прошла — райком вернул ее для разбирательства в институт фактически тем, на кого жаловался Королев. В чью пользу заканчиваются такие разбирательства — ясно без слов.
Положение Королева в институте становится угрожающим. А тут еще одна за одной неудачи. «Так, — по рассказу дочери, — 13 мая 1938 года при испытаниях двигательной установки ракеты произошел взрыв. Для выяснения причин аварии создали комиссию… 27 мая проводились испытания, предусматривавшие сброс макета ракеты с самолета. Экипаж из пяти человек, в том числе отец, оказался в аварийной ситуации. Все обошлось, но снова образовали комиссию, снова состоялся разбор причин с обвинениями конструктора — моего отца, нервы которого и так были на пределе. 29 мая отец проводил на стенде опыты с двигательной установкой, отремонтированной после взрыва ракеты. А. В. Палло говорил, что, проверяя в тот день вместе с механиками соединения трубопроводов, он не смог добиться необходимой герметичности и предложил отцу изменить конструкцию уплотнения, а до этого отказаться от испытаний. Отец очень рассердился и, сказав, что обойдется без помощников, ушел на стенд. Все случилось так, как и предвидел А. В. Палло: силой давления из соединения вырвало трубку, конец которой ударил отца по голове. Окровавленный, он, шатаясь, вышел во двор, прикрывая рану носовым платком, упал, потом поднялся… Вызвали «скорую помощь»… Отец получил сотрясение мозга, а в темено-височный области — ушибленную, но без повреждения кости, рану. Лишь по счастливой случайности остался жив… В больницу к нему приехал А. В. Палло. Отец сразу признал, что тот был прав, предупреждая его об опасности».
Короче, с Королевым едва не случилось то, что в конце того же 38 года произошло с Чкаловым, который, зная о недоделках в новом самолете, все-таки отправился в неконтролируемый испытательный полет и… разбился, чудом избежав падения на жилые дома. Из-за гибели Чкалова многие руководители надолго, а кое-кто и навсегда лишились свободы.
После всего происшедшего в мае 1938 года Королев, по воспоминаниям матери, хорошо представляя, что его ждет, сказал: «Ну вот, дорогие мои старики… Клейменов арестован, Лангемак арестован. Глушко арестован. Теперь очередь за мной!»