10 февраля 1883 года на улице Харькова на маршрут Веры Фигнер, выясненный Дегаевым, был выставлен Меркулов, который столкнулся с ней лицом к лицу, закричал, подбежали полицейские и арестовали последнего члена старого Исполнительного Комитета, который должен был теперь возглавить личный агент Судейкина Сергей Дегаев. Александр III в восторге писал на донесении Толстого об аресте этой ужасной женщины: «Наконец, попалась!»
Теперь Судейкину оставалось арестовать Военную организацию «Народной воли», которая полностью меняла свою структуру, приспосабливаясь к работе в новых условиях. Предполагалось создать несколько центральных групп в военных округах, куда входили бы делегаты местных групп. Центральная военная группа должна была состоять из разъездных агентов и штаба, знавшего не имена, а только общее количество офицеров-народовольцев и явки на случай ареста. Перестройкой Военной организации занимался Ашенбреннер, но он не успел. Позднее он вспоминал: «До Москвы я не доехал и был арестован в Смоленске, к счастью, при таких обстоятельствах, что успел уничтожить все зашифрованные списки с паролями, все рекомендательные письма и через одно лицо послал по условной форме составленное сообщение о своей гибели. При мне были рекомендательные письма и небольшая тетрадка из очень тонкой почтовой бумаги со списком четырехсот офицеров по городам, зашифрованные по способу Гамбетты. Половину списка я выучил наизусть как «Отче наш» и часть тетради сжег. В момент ареста при мне находилась часть тетради с двумястами фамилиями. Около полуночи у подъезда остановился экипаж. Ночь была лунная, шторы опущены, но я увидел в окно, как жандармский полковник оцеплял дом жандармами и городовыми. Я успел затопить печь в своей комнате, сжечь все опасные бумаги и даже уничтожить все багажные билетики на чемодане».
Аресты офицеров-народовольцев шли весь февраль и март 1883 года. Были арестованы десятки товарищей, которых Дегаев знал лично. Многие офицеры были спасены народовольцами, передавшими им новые паспорта, и ушли за границу, где потом воевали на Балканах. Те офицеры, которых Дегаев не знал, уцелели и остались в армии. Среди арестованных народовольцев-офицеров больше предателей не было.
Старая «Народная воля» была разгромлена и Судейкин мог торжествовать победу. Один из рядовых народовольцев вспоминал о событиях весны 1883 года, о работе на свой страх и риск, без связей между собой и центром: «Мы работали насколько хватало уменья, но уже не выносили от работы того нравственного удовлетворения, как год назад. Надорванность и скрытый скептицизм старших революционеров угнетающим образом действовали на молодежь и создавали крайне неблагоприятную атмосферу для серьезного дела. Мы чувствовали, что дело, которому отдавали себя, расползается и теряли почву под ногами, переживая большие нравственные страдания».
Судейкин радовался, но постоянно носил кольчугу и имел большую охрану. Он старался остаться в живых, но это было уже невозможно. Осуществлять убийство Толстого и других вельмож с помощью Дегаева до коронации было бессмысленно – подполковник уже был герой, награжденный и обласканный. Дегаев выглядел плохо после предательства стольких людей и просился за границу, то ли для отдыха, то ли для разговора с хранителями традиций «Народной воли» Тихомировым и Ошаниной о судьбе партии. Судейкин попросил его довыдавать российских народовольцев, чтобы провести коронацию без сюрпризов, и только потом уезжать. Аресты шли в полусотне имперских городов и в тюрьмах к апрелю 1883 года находилось более двухсот самых активных народовольцев. Два члена Исполнительного Комитета находились за границей, а третий – Дегаев – в России выполнял указания Судейкина, формально возглавив «Народную волю». Он уже выдал всех, кто знал, но знал он только руководителей и членов Военной организации, не имея информации о народовольческих группах в городах, которой владела только Вера Фигнер. Двести народовольцев арестовали, но сотни их оставались на свободе. Необходимо было провести акцию устрашения, чтобы окончательно выбить почву из-под ног революционеров.