Германа Лопатина, Петра Якубовича и их товарищей по Процессу Двадцати одного судили военным судом без публики и корреспондентов. Лопатин в самом начале суда просил прощения у товарищей, арестованных из-за его провала и бумаг. Политику властей он назвал провокационным «русским базаром», допускающим гнусные методы и приемы и заявил: «Членом партии стал только незадолго до поездки в Россию. Было время, когда скамья подсудимых была кафедрой, откуда раздавалась проповедь социалистических идей, упований и чаяний лучшей части русского общества. Подсудимые пользовались этой кафедрой для пропагандистских и агитационных целей, но в настоящее время, когда политические процессы проходят при полном отсутствии публики и в газетах даже не печатаются отчеты, теряется смысл произносить защитительные речи. Не о защите себя думаю я. Если бесславен был конец моей революционной деятельности, то пройдет еще несколько дней и я сумею с достоинством умереть в застенках. Я не признаю правомочности царского суда и вручаю суду истории будущую защиту моей памяти. Я сожалею, что мало сделал ради того дела, которое было мне дороже всего. Суд истории надо всеми нами и над вами тоже».
Стародворский и Конашевич рассказали об убийстве Судейкина и о его планах терактов над высшими сановниками империи, о его желании стать диктатором: «Одержав победу над Дегаевым, сделав его своим сообщником, Судейкин начертал себе целый план действий для достижения своего благополучия. Свою карьеру он решил устроить при помощи революционеров, которые должны убить министра Дмитрия Толстого. Судейкин через Дегаева будет знать исполнителей. Он изловит их и уйдет в отставку. Революционеры убьют великого князя Владимира. Заместители Судейкина, ничего не зная, не сумеют найти виновников, и правительство будет вынуждено дать ему повышение, лишь бы он вернулся. Таким образом, при помощи ряда террористических актов Судейкин дойдет до высших ступеней и сделается министром. Дегаев же будет его ближайшим помощником и тогда они по-своему направят судьбы России».
Речь Стародворского произвела колоссальное впечатление в суде и в империи, которая заговорила о мерзостях в лагере столпов самодержавия. 4 июня военный суд объявил приговор, присудив половине обвиняемых смертельную казнь, а остальным – вечную каторгу. Как обычно, через месяц, виселицу заменили Сибирью, куда отправили всех, кроме Лопатина с четырьмя товарищами, которых встретил вечный Шлиссельбург. За три месяца до Процесса Двадцати одного на Невском проспекте Петербурга были арестованы метальщики и сигнальщики группы Александра Ульянова, называвшие себя «Террористической фракцией «Народной воли».