Следствие над государственными преступниками велось, когда они находились уже в тюрьме. Пытка в таких случаях была обычной при допросах: знатного освобождали от нее, если он совершал лишь уголовное преступление. Константин Диоген, повинный в заговоре (этот видный полководец был отцом Романа IV), не вынес пыток, которыми руководил Орфанотроф, и разбился насмерть, бросившись во время прогулки со стены Влахернской тюрьмы. Василий Петин при Романе II и Лев Ламброс при Константине IX сошли с ума от пыток, а Роман Стравороман скончался под пытками.
Наиболее мягким наказанием был запрет опальному вельможе покидать свои поместья и появляться в столице, а также домашний арест: Анна Комнин при Иоанне II и Мануиле I Комнинах (при брате и племяннике) просидела под домашним арестом более 30 лет, занимаясь науками и сочиняя "Алексиаду". Часто практикуемой мерой наказания была ссылка. Иногда она имела замаскированную форму: виновного или неугодного засылали на официальный пост в отдаленную провинцию. Но обычно сосланный томился под стражей на каком-либо острове или в захолустье, причем стражники получали право убить сосланного при попытке к бегству. Ссылка такого рода чаще всего сопровождалась конфискацией имущества в пользу казны, василевса и доносчика. Ссылали нередко также членов семьи и даже дальних родственников преступника, поэтому иные спешили укрыться в монастыре, не ставя под удар родственников и детей.
Не совсем понятным официальным видом наказания было насильственное пострижение в монахи. С одной стороны, пострижение, связанное с отрешением от мирских благ, объявлялось добровольным духовным подвигом. С другой стороны, постриг сделали карой, навсегда лишавшей виновного радостей земной жизни. Это противоречие волновало и современников: патриарх Евфимий упрекал временщика Стилиана Заутцу в том, что тот, часто прибегая к пострижению врагов в монахи, превратил "святую схиму... в наказующий меч".
Серьезной каре (ссылке, ослеплению, казни) обычно предшествовало всеобщее поругание. Преступнику остригали волосы, бороду, брови, даже ресницы, возили его затем по городу и по ипподрому на осле, верблюде или быке (лицом к хвосту). Иногда на него набрасывали мешок, надевали рубаху без рукавов, на шею вешали "ожерелья" из бычьих и овечьих кишок, на голову водружали такие же "короны". Впереди, потехи ради, шествовали жезлоносцы с глумливыми песнями и славословиями. Дочери и жены царей выходили на балконы посмотреть на такое зрелище: его организацию поручали порой скоморохам и мимам как опытным режиссерам забав.
Тюрьмы содержало государство. В тюрьму сажали политических преступников, особо опасных рецидивистов и несостоятельных должников. Дебоширов и гуляк за мелкие проступки просто пороли на месте без суда и разбирательства. Бедняка византийская бюрократия предпочитала карать смертью, отсечением носа, руки, оскоплением, каторгой, поркой, штрафом, изгнанием из города - ей было невыгодно кормить, поить и одевать вместо того, чтобы получать с простолюдина налоги.
Глика пишет, что к нему на дом явился посланец василевса и препроводил его в тюрьму по названию Нумеры - темницу, "страшнее Аида" (подземного царства), ибо заключенные не видели во мраке лиц друг друга. Попавший в тюрьму нередко навсегда оставался в ней. Андроник I морил голодом в тюрьмах даже женщин, причастных к политике. "Поумирали" в тюрьме и "апостолы" ересиарха Василия, хотя получали пищу, заверяет Анна. Разведчик Алексея I, засланный в лагерь Лжедиогена, прикинулся беглым из тюрьмы: для этого он обрезал бороду и волосы и нанес себе множество ран и ссадин.
Фальшивомонетчиков, трапезитов, плохо исполнявших полицейские функции, аргиропратов, примешивавших к золоту иные металлы, карали отсечением руки, прелюбодеев - отсечением носа, виновных в скотоложестве - оскоплением. Последнее наказание применяли и в отношении политических преступников, ему подвергали и лиц, права которых на трон (родство со свергнутым василевсом) представляли опасность.
Но наиболее распространенным из членовредительских наказаний было ослепление. Ослепляли с помощью раскаленного железного стержня, которым прожигали веко. Грубое ослепление иногда влекло за собой смерть. Вскоре после ослепления умер молодой Михаил V, а также сильный и крепкий воин Роман IV Диоген. Во время ожесточенных войн византийцы производили массовое ослепление пленных. Иногда ослепление осуществлялось без видимого повреждения глаз, путем многократного вращения перед глазами раскаленного. добела металла - зрение меркло постепенно. Иногда лишали только одного глаза или притупляли зрение это было особой милостью.